Процесс формирования внутреннего убеждения судьи связан с непрерывным разрешением возникающих сомнений. А. Ф. Кони принадлежит определение понятия «сомнения» и путей его преодоления. «Благодетельный и разумный обычай, обратившийся почти в неписаный закон, предписывает всякое сомнение толковать в пользу подсудимого. Но какое это сомнение? Конечно, не мимолетное, непроверенное и соблазнительное по легко достигаемому при посредстве его решению, являющееся не плодом вялой работы ленивого ума и сонной совести, а остающееся после долгой, внимательной и всесторонней оценки каждого доказательства в отдельности и всех их в совокупности, в связи с личностью и житейскою обстановкою обвиняемого. С сомнением надо бороться — и победить его или быть им побежденным, так, чтобы в конце концов не колеблясь и не смущаясь сказать решительное слово — «виновен» или «нет»…». В этом теоретическом положении настойчиво звучит призыв к напряженной, интенсивной и плодотворной деятельности судей, вне которой не может быть достигнуто специальное и общепревентивное воздействие судебного процесса, и особенно судебного приговора.
Высоко ценил А. Ф. Кони судейскую независимость как одно из важнейших условий, обеспечивающих постановление правильного приговора. Он считал необходимым ограждать судей от всяких посягательств на их независимость, от условий, дающих основание к развитию в них «малодушия и вынужденной угодливости».
В связи с этим он положительно оценивал принцип несменяемости судей, дающий, как ему представлялось, «возможность спокойно и бестрепетно осуществлять свою судейскую деятельность». Переоценка значения несменяемости судей как гарантии судейской независимости относится к числу заблуждений А. Ф. Кони. Общеизвестна ленинская оценка принципа несменяемости судей, не дающего возможности заменить негодных судей. Именно поэтому советское законодательство не восприняло этого принципа.
Заслуживают быть отмеченными суждения А. Ф. Кони о влиянии на судей общественного мнения. Он высоко ценил общественное мнение передовой России. Вместе с тем он предостерегал от подмены подлинного общественного мнения «общественными страстями». «Под видом «общественного мнения», — писал он, — судье указывается иногда лишь на голос «общественной страсти», следовать которому в судебном деле всегда опасно и нередко недостойно».
А. Ф. Кони весьма ярко показал, как отрицательно иногда влияет на суд общественное мнение, когда оно является зыбким, неустойчивым, несозревшим. В обвинительной речи по делу Александра и Ивана Мясниковых, разбиравшемуся 14 лет и возбудившему массу толков, он говорил:
