А. Ф. Кони по праву считается основателем судебной этики — науки, не занявшей еще до сих пор заслуженного ею места. Взгляды его по этому вопросу изложены в «Нравственных началах в уголовном процессе (общие черты судебной этики)».
Нравственным началам при осуществлении правосудия А. Ф. Кони отводил видное место. Не особенно веря, видимо, в возможность их реализации в судах царской России, он утверждал, что нравственным началам «принадлежит в будущем первенствующая роль в исследовании условий и обстановки уголовного процесса». Он надеялся на то, что рядом с «изощрением техники» в уголовном процессе должно пойти «развитие истинного и широкого человеколюбия на суде, равно далекого и от механической нивелировки отдельных индивидуальностей, и от черствости приемов, и от чуждой истинной доброте дряблости воли в защите общественного правопорядка». Он надеялся на то, что «центр тяжести учения о судопроизводстве перенесется с хода процесса на этическую и общественно-правовую деятельность судьи во всех ее разветвлениях».
Центральное место в судебной деятельности А. Ф. Кони всегда отводил личности судьи. Как бы хороши ни были правила деятельности, они могут потерять свою силу и значение в неопытных, грубых или недобросовестных руках, а самый обдуманный и справедливый уголовный закон обращается в ничто при дурном отправлении правосудия. Исходя из этого, А. Ф. Кони считал, что изучение судопроизводства в той его части, которая относится к судебной деятельности, должно иметь своим предметом не только свойства и условия этой деятельности, но и «поведение судьи по отношению к лицам, с которыми он приходит в соприкосновение вследствие своей деятельности».
Большое внимание А. Ф. Кони уделяет проблеме внутреннего убеждения судьи. Он прослеживает, как в историческом развитии свобода внутреннего убеждения античного судьи сменяется предвзятостью внутреннего убеждения феодального судьи в уголовном процессе, где отсутствует защита и присутствуют безгласность, письменность и канцелярская тайна, а последняя в свою очередь сменяется связанностью внутреннего убеждения судьи во времена господства системы формальных доказательств. Он приветствует возврат к свободе внутреннего убеждения судьи, связанный с судебной реформой 1864 года.
Судья, по мнению А. Ф. Кони, должен напрягать все свои душевные силы для отыскания истины в деле, при вынесении приговора он не должен быть в плену «мимолетного мнения, внушенного порывом чувства или предвзятым взглядом», он не вправе решать дела по принципу: «Я так хочу». Его девизом должно быть: «Я не могу иначе». В основе судебного приговора должна лежать не только логическая неизбежность, но и нравственная обязательность.
