1919-й и следующие за ним годы Эйдеман также проводит на фронтах гражданской войны, но уже на юге. В начале 1919 года его переводят на Южный фронт. Вот основные вехи его стремительной биографии: в марте — июле 1919 года он — начальник 16-й, в октябре — ноябре — 41-й, в ноябре 1919 — апреле 1920 года — 46-й стрелковой дивизии, в апреле — мае 1920 года — начальник тыла Юго-Западного фронта, в июне — июле — командующий 13-й армией, в августе — сентябре — Правобережной группой войск 13-й армии в районе Каховского плацдарма. С сентября
1920 года Эйдеман занимает должность начальника тыла Южной армии и одновременно с октября он — командующий войсками внутренней службы Южного и Юго-Западного фронтов, с января 1921 года — командующий войсками внутренней службы Украины, е марта — войсками Харьковского военного округа, с июня
1921 года — заместитель командующего вооруженными силами Украины и Крыма.
После окончания гражданской войны судьба вновь ненадолго забрасывает Эйдемана в Сибирь — в 1924 году он возвращается туда уже как командующий войсками Сибирского военного округа.
Приезд Эйдемана в Москву был связан с новым, очень почетным для него назначением: с 1925 по 1932 год Эйдеман — начальник и комиссар Военной академии РККА имени М. В. Фрунзе.
В Москве начинается новый этап жизни и творчества Эйдемана — научного работника в области военных наук, педагога, издательского работника, общественного деятеля. Эйдеман сумел привлечь в академию талантливых военных теоретиков. При его непосредственной поддержке в эти годы публикуется ряд важных исследований, сделавших честь советской военной науке. Эйдеман и сам публикует серию работ, посвященных обобщению опыта гражданской войны, и что особенно важно — разрабатывает вопрос о характере войн будущего, об особенностях их начального этапа. История подтвердила справедливость многих высказанных тогда Эйдеманом предположений. Среди работ Эйдемана тех лет книги «Химия в войне будущего», «Армия в 1917 году» (в соавторстве с В. А. Меликовым), «Гражданская война на Украние» (в соавторстве с Н. Е. Ка-куриным) и многие другие.
Прямым продолжением научной стала его многообразная редакторская деятельность. В 1927–1936 годах Эйдеман — ответственный редактор журнала «Война и революция», член редколлегии газеты «Красная звезда», журнала «Книга и пролетарская революция», трехтомника «Гражданская война (1918–1921)».
В 1932 году Эйдеман получает назначение на пост председателя Центрального совета Осоавиахима СССР. Оно было вызвано той огромной ролью, которая отводилась в те годы массовым организациям по подготовке резервов для Красной Армии. И на этом посту Эйдеман занимается не только руководящей практической работой. Он много печатается, издает статьи и брошюры по вопросам укрепления обороны страны.
