Из-за недостатка помещений школа переводится из прекрасного Пале Бурбон на набережной Дорсей в старинное здание бывшего Наваррского коллежа, где, по словам Ампера, — «помещение удобно, но весной вместо прекрасных цветущих каштанов видишь только маленький, печальный двор».
Во время установления диктатуры Наполеона в школе находили себе место оппозиционные настроения, получавшие иногда и внешнее проявление. Наряду с немногочисленными носителями угасавших традиций 1789–1793 годов, среди учеников школы было немало и явно роялистских элементов. Здесь же находили отголосок оппозиционные настроения тех слоев буржуазии, которых внешняя и внутренняя политика Наполеона постепенно переставала удовлетворять, которые начинали тяготиться разрывом экономических отношений с Англией и другими странами, расстройством коммерческих и промышленных дел, превращением страны в вооруженный лагерь. Воспитанники отказались подписать поздравительный адрес по случаю открытия заговора на жизнь Бонапарта. Школа не приняла участия в манифестации по поводу учреждения ордена «Почетного легиона». Однажды на всех досках в аудиториях появилось написанное мелом стихотворение:
Наш мир есть только атом,
И по нему высокомерный узурпатор,
Как насекомое гадливое, ползет
И носит имя: император!
Во время торжественной раздачи знаков отличия на Марсовом поле школа получает из рук императора знамя с девизом «За отечество, науки и искусства». Однако республиканские традиции еще сильны среди учащихся, и многие уклоняются от принесения присяги Наполеону. В своих «Воспоминаниях» Араго красочно описывает сцену, происшедшую с сыном известного деятеля Конвента — Бриссо:
«Генерал Лакюе явился, чтобы приводить учеников к присяге императору. В обширном амфитеатре, где они были собраны, не замечалось и следа той торжественности, которую должна была бы внушать эта церемония. Вместо того, чтобы отвечать по вызову: «клянусь!», большая часть учеников кричала: «здесь!».
Неожиданно однообразие этой сцены было-прервано одним учеником, сыном члена Конвента — Бриссо: «Нет! Я не приношу присяги на верность императору». Бледный и потерявший самообладание Лакюе приказал вооруженному караулу из учеников арестовать упорствующего. Но караул, во главе которого находился я, отказался повиноваться. Тогда Бриссо, обращаясь к генералу, совершенно спокойно сказал: «Укажите мне место, куда вам угодно меня направить, но не подвергайте унижению учеников, заставляя их налагать руку на своего товарища, который вовсе не желает сопротивляться».
