Мирные занятия русских моряков были прерваны опустошительным подводным землетрясением, которое произошло в бухте Симода 11 декабря 1854 года. Это стихийное бедствие разрушило город, Симоду и явилось причиной гибели фрегата "Дианы", Путятин в рапорте генерал-адмиралу сообщил о стихийном бедствии в таких словах:
"Одним из тех ужасных, редких явлений в природе, случающихся, однако, чаще в Японии, нежели в других странах, совершилась гибель "Дианы".
И затем подробно описал, как произошла катастрофа. В шханечном журнале фрегата "Диана" записано следующее:
"В 3/4 10 часа во время завоза второго верпа на фрегате почувствовали, как бывшие наверху, так и в палубах, в каютах необыкновенное непрерывное сотрясение, продолжавшееся около 1 минуты, в то же время адмирал выбежал наверх и приписал необыкновенное сотрясение действию землетрясения и как по прекращении сотрясения, покойное состояние моря и атмосферы при ясном солнечном дне не изменялось, адмирал сошел вниз, а на фрегате приступили к продолжению вседневных занятий, прерванных землетрясением. В 10 часов заметили с фрегата необыкновенно быстрое возвышение воды по берегам, что в городе улицы наводнялись и стоящие у пристани японские джонки стало разбрасывать во все стороны, после этого не прошло 5 минут как от находящегося у нас за кормою острова море стало распространяться взбуровленным сулоем, а вдоль бухты понеслось сильнейшее течение в море, и воды залива перемешались с илом со дна".
Волна, хлынувшая на город, смыла легкие японские постройки. Через несколько минут явление повторилось и "для города Симоды второй вал был самый пагубный". Море поднялось метров на шесть выше уровня и на несколько минут залило все селение, так что виднелись одни лишь крыши кумирен. Когда вода отхлынула, в бухте плавали части домов, джонки, крыши, домашняя утварь, человеческие трупы и спасшиеся на обломках люди; все это быстро мутным потоком неслось из города. Моряки на фрегате держали наготове концы, чтобы бросить их утопающим, но несчастных людей проносило вдали от корабля. Удалось спасти только одну старуху. Затем над городом показался дым, и распространился запах серы. За вторым валом последовало еще четыре, они смыли следы города Симода.
Прилив и отлив сменялись так быстро, что в продолжение полминуты глубина изменялась более чем на сажень; лотовые едва успевали измерять глубину, а она постоянно менялась, и разность уровней воды доходила до одиннадцати метров.
