Военные поселяне скоро поняли в какую беду попали и что их ожидает в будущем. Они не могли свободно распоряжаться не только своим хозяйством, работой, но даже своими детьми. Военный поселянин не мог продавать продукты своего хозяйства, не мог отлучаться из поселения, перестроить свой дом, не мог заниматься ремеслом или торговлей. Бесправие было условием его существования. Без разрешения военного начальства он не мог жениться или женить своих детей. Если кто, по мнению начальства, не был «хорошего поведения», батальонный командир докладывал Аракчееву о его пороках; такого исключали из военного поселения и ссылали в дальние гарнизоны, дабы это служило примером для других. Старообрядцев в военных поселениях заставляли сменить обычаи, брить бороду и т. п. Это приводило к тому, что целые семейства раскольников кончали самоубийством. Недовольство поселян переходило в ропот, а ропот — в волнения. К началу царствования Николая I военные поселения достигли внушительных размеров и были созданы также в Петербургской, Новгородской, Слободско-Украинской, Екатеринославской, Херсонской, Ярославской и других губерниях, протянувшись на север и на юг.
Однажды, когда Николай I проезжал Новгородскую губернию, толпа крестьян остановила царский кортеж и просила, чтобы их пощадили. «Пусть возьмут наши дома и имущество, но только не сделали бы из нас военных поселян. Прибавь нам, государь, подать, требуй из каждого дома по сыну на службу, отбери у нас все и вывези в степь, мы охотно согласимся, у нас есть руки, мы и там примемся работать и там примемся работать и там будем жить счастливо, но не тронь нашей одежды, обычаев отцов наших, не делай нас всех солдатами» — жаловались крестьяне царю.
Когда положение военных поселян стало невыносимым, они послали в Петербург выборных людей с просьбой отменить военные поселения и «защитить от Аракчеева». Всесильный Аракчеев велел схватить крестьянских делегатов, у них отняли жалобу, написанную в сильных выражениях, и жестоко расправились с ними: кого повесили, колесовали, четвертовали. Были еще попытки жаловаться, но после всех неудач поселяне стали решительнее действовать: отказывались переходить в новопостроенные селения, иные в отместку поджигали поселения. Борьба разгоралась более остро на юге, где казачество имело свои вольности и особые права.
В истории военных поселений было множество восстаний. Они вспыхивали с большей или меньшей силой то в северных, то в южных районах. Наибольшую известность получили Чугуевское и Шебелинское восстания и, наконец, в 1831 году произошло самое мощное массовое движение.
