Система чакр строится на иных философских источниках, нежели ТКМ, но между ними есть значительное сходство. Самое ранее известное упоминание о чакрах найдено в поздних Упанишадах, которые представляют собой серии из 108 цитат Брахман и составляют часть Вед. В виде текстов они были зафиксированы в Индии примерно в 800 году до н. э. Сегодня Упанишады рассматриваются как сердце индуистской веры и других практик, как, например, йога. Само слово «упанишад» дословно означает «сидеть около» и подразумевает процесс обучения, когда ученики внимали словам своего гуру, сидя у его ног. Без сомнения, когда-то текст Упанишад тщательно оберегался от непосвященных, считалось, что этот трактат даровал практикующим силу Бога.
Слово «чакра» происходит от санскритского cakra, что в переводе означает «колесо», считается, что колесо, о котором идет речь, — это колесо жизни, цикл рождения и смерти; однако оно также относится к физической природе чакр, которые являются центрами вращения энергии. Человеческое тело имеет семь главных чакр, четыре второстепенные чакры, одну эфирную, восемь более мелких и сотни еще более мелких, которые связаны с внутренними органами, железами и тканями организма. Чакры связывают физическое и эфирное тело человека. Когда чакры функционируют с достаточным количеством жизненной энергии, тело будет в порядке, но если энергетический поток нарушается, жизнеспособность чакр падает, и это может даже заставить их перестать функционировать вообще, что будет означать скорое проявление физического недомогания.
Все семь основных чакр связаны с физической, умственной и духовной деятельностью. Они располагаются вдоль спины, начиная с коренной чакры у копчика до коронной чакры, которая находится в теменной области головы. В этой системе энергия, которая питает чакры и поддерживает их функционирование, называется «прана». Прана выполняет ту же функцию, что и ци в ТКМ. Она питает тело жизненной силой и сконцентрирована в дыхании. В соответствии с теорией чакр дыхание — это не просто способ обогащения тела кислородом, это поток, несущий в себе прану, ценную энергию вселенной, которая требуется всем живым существам для того, чтобы эффективно существовать. В Индии и во всей Азии медитативная практика делает упор на осознанное дыхание, то есть на технику, используя которую, Будда достигал просветления. При помощи этой техники может быть достигнут очень высокий уровень осознанности. Считается, что целитель, обладающий глубокими познаниями и опытом осознанного дыхания, может узнать дату своей смерти примерно за полгода до конца, так как в этот период прана больше не входит в тело через дыхание, а наоборот покидает его, поскольку более не нужна разрушающемуся организму. Чакры подпитываются от 72 000 энергетических каналов, называемых «нади», которые опоясывают все тело человека и выполняют ту же функцию, что и меридианы в ТКМ.
