Очистив ряды партии, коммунисты сосредоточили внимание на монгольских ученых, которых заклеймили как «китайских шпионов, саботажников, антипартийных элементов и паразитов». Вскоре была проведена кампания по борьбе с национализмом. Археолога Пэрлээ бросили в тюрьму, где содержали в бесчеловечных условиях, только за то, что он был учителем Томор-Очира, а также за тайные исследования в области истории монгольской империи. Учителя, историки, художники, поэты и певцы оказывались в серьезной опасности, если только оказывались как-то связаны с историей времен Чингисхана. Власти тайно казнили некоторых из них. Другие ученые были уволены с работы, изгнаны вместе с семьями из своих домов и вынуждены скитаться в условиях жестокого монгольского климата. Им отказывали в медицинской помощи, и многих отправили во внутреннюю ссылку в разные концы Монголии.
Во время этой чистки Духовное Знамя Чингисхана окончательно исчезло. Возможно, его уничтожили Советы — в наказание монгольскому народу. Но, несмотря на жестокие репрессии, а может быть, именно, благодаря ним, многие монгольские ученые занялись независимыми исследованиями «Сокровенного сказания». Рискуя жизнью, они пытались получить истинное представление о своем искаженном и забытом прошлом.
За пределами Монголии исследователи многих стран, в особенности России, Германии, Франции и Венгрии, вели работу по расшифровке этого текста и переводу его на современные языки. Их работа была очень затруднена отсутствием доступа к источникам внутри самой Монголии. В течение 1970-х годов по одной стали появляться главы «Истории» на монгольском и английском языках. Они публиковались под редакцией и Игоря де Рахевильца, самоотверженного австрийского исследователя древнего монгольского языка. В то же время американский ученый Фрэнсис Вудмен-Кливз подготовил собственный очень точный перевод, который был опубликован издательством «Гарвард Юниверсити Пресс» в 1982 году. Впрочем, для того, чтобы документы стали понятны современному читателю, было далеко не достаточно просто расшифровать и перевести их. Даже в переводах текст оставался крайне темным, поскольку он явно был написан для узкого круга людей из близких родственников Чингисхана. Это предполагало не только прекрасное знание культуры монголов XIII века, но еще и точной географии их страны. Исторический контекст и биографическое значение этого манускрипта оставалось недоступным, поскольку невозможно было провести тщательный анализ текста с изучением местности, где происходили описанные события.
