4 мая 1943 г. на основании директивы ГШ КА в полку на базе особой авиационной группы Разведуправления ГШ КА и ЦК ВКП(б) была сформирована 5-я ночная транспортная эскадрилья в составе 6 самолетов Ли-2, выполнявшая специальные задачи ГРУ и Ставки по переброске разведчиков и специальных грузов в глубокий тыл противника. Эскадрилья выполняла самые разнообразные задачи, не связанные с секторами боевых действий полка, достигая рубежа Рига-Вильно-Волковыск-Кобрин-Житомир-Умань-Николаев. Командиром АЭ стал к-н Дудкин, а после его гибели 14 августа 1943 г. — гв. м-р Цуцаев.
Почти одновременно с 5-й АЭ сформировали 6-ю АЭ, принявшую на себя нелегкую задачу подготовки боевых экипажей (ранее этим занималась 2-я АЭ) на Пе-2 и УПе-2, а 2-я АЭ смогла полностью переключиться на боевую работу.
Весной и летом 1943 г. эскадрильи полка участвовали в подготовке и проведении Орловско-Брянской операции на Курской дуге. Разведка велась с аэродромов совхоз Дугино (1-я АЭ), Монино (2-я АЭ), Андреаполь (3-я АЭ), Вязьма (4-я АЭ) — 333 дневных и 102 ночных боевых вылетов. Цменно этот период в истории полка связан с наибольшими потерями. Чаще всего в журнале боевых потерь стоят записи: «Пропали без вести».
К счастью, это не всегда означало гибель всего экипажа. Ил-4 гв. ст. л-та Василия Кокарева был подбит 31 июля при выполнении ночной разведки в районе Рославля. Самолет вспыхнул, и командир приказал покинуть обреченную машину — он прыгнул последним. Экипаж разбросало по лесу и собраться не удалось. Сам Кокарев трое суток блуждал по смоленским лесам, пока не попал в отряд к партизанам. Здесь его после долгих проверок стали брать на боевые задания как рядового партизана. Но поверили ему лишь благодаря тому, что в этот лее партизанский отряд попал стрелок-радист Крохин, Ил-4 которого был сбит 3 августа. Партизаны, увидев, что летчики узнали друг друга, тщательно, по отдельности допросили обоих. И только после этого им стали доверять. Почти через месяц, 24 августа, заросшего и исхудавшего Кокарева в оборванной фуфайке вывезли на связном По-2. Но и после возвращения в родной полк офицер СМЕРШ «рекомендовал» командиру полка не посылать Кокарева на боевые задания в тыл к немцам. Но даже так «везло» не всем — многие попадали в плен, а были и такие, кто выйдя к своим, после скитаний по немецким тылам, не могли доказать свою невиновность и попадали либо в наши лагеря, либо в штрафбат.
В дальнейшем полк обеспечивал Командование развединформацией при подготовке и проведении Смоленско-Рославльской операции. 1-я АЭ вела разведку на Ту-2 с аэродрома Совхоз Дугино. Сюда же 11 августа 1943 г. были перебазированы для ведения ближней разведки 4 экипажа Пе-2 4-й АЭ.
