На горящий линкор прибыл командующий флотом вице-адмирал Колчак. Первое распоряжение, которое отдал Колчак, — отвести подальше от «Марии» «Екатерину Великую». А через четверть часа катер с командующим подошел к борту терпящего бедствие корабля. К адмиралу подбежали командир корабля капитан 1-го ранга И. С. Кузнецов и старший офицер А. В. Городысский. Первый был в нижнем белье, а второй в фуражке и шинели, но босиком. Им, однако, удалось остановить начавшуюся было на корабле панику и приступить к организованной борьбе с пожаром. Хотя при первом же взрыве отключилось электричество и пожарные насосы не работали. Колчак, посоветовавшись с командиром и старшим офицером, не стал отводить «Марию» на мелкое место, чтобы та не перевернулась. Решили сосредоточить усилия на борьбе с пожаром.
К 7 часам утра пожар стал стихать, корабль стоял на ровном киле, казалось, что он будет спасен. Но через две минуты раздался еще один взрыв, более мощный, чем предыдущие. Линкор стал быстро оседать носом и крениться на правый борт. Колчак велел срочно снимать с корабля команду и сошел сам. Когда носовая часть и пушечные порты ушли под воду, линкор, потеряв остойчивость, опрокинулся вверх килем. Огромное зеленое днище дредноута некоторое время покачивалось на волнах, постепенно погружаясь и пуская высокие фонтаны из отверстий, а затем скрылось под водой. Корабль затонул на глубине до 18 метров. Было 7 часов 17 минут. После первого взрыва прошло чуть меньше часа. Катера и шлюпки собирали барахтающихся в море людей. Кое-кто из матросов самостоятельно выплыл на пристань. Но многие утонули, другие умерли в госпиталях от ран и ожогов, ушли на дно вместе с броненосцем. Водолазы рассказывали, что два дня они слышали отчаянные стуки из разных мест корабля, но не было никакой возможности прийти на помощь задыхающимся людям. Погибли инженер-механик мичман Игнатьев, два кондуктора и 225 матросов.
Из свидетельств очевидца: «В 6 часов 10 минут утра, когда день еще только просыпался, громовой, потрясающий удар грохнул над рейдом. Перепуганные насмерть жители бросились к берегу.
Черно-огненная туча, славно сверкающая зарницами гроза, низко нависла над рейдом. Стоял гул, точно от канонады.
— По орудиям! Боевая тревога! — пронесся над флотом призывный клич.
Думали, что прокравшиеся вслед за кораблями на рейд германские подводные лодки, залегшие на ночь на дно, с рассветом атаковали «Марию» и сейчас атакуют флот.
