К тому времени Сотер вторгся в Египет, но был изгнан, так как армия его не отличалась ни ловкостью, ни силой. Прожив зиму в Газе, он вынужден был вернуться обратно на Кипр.
Что касается Птолемея Александра, то, воспользовавшись царящими беспорядками, он убил свою мать, чье иго не в состоянии был больше переносить. Так завершились пятнадцать лет авторитарной власти одной из представительниц династии Клеопатр, доказавшей, что государство может с успехом управляться женщиной, о чем полвека спустя будет вспоминать ее правнучка — Великая Клеопатра.
Александр процарствовал со своей женой Береникой III 12 лет. По воле судьбы она была дочерью враждовавшего с ним брата, Птолемея Сотера, и эта супружеская коллизия напоминала брак ее бабушки Клеопатры III с Птолемеем VIII. В течение этого нового правления внутренняя ситуация в Египте заметно ухудшилась. Обычным явлением стали волнения в Верхнем Египте. Впрочем, все более частое вывешивание у храмов указов египетского царя об убежищах свидетельствовало о том, что либо право на убежище более не чтилось, либо эти указы были лишь поводом для нарушений, приводивших к нищете и отсутствию ощущения безопасности. В то время Египет окончательно теряет свой контроль над Киренаикой, сначала сдавшейся Птолемею Апиону (внебрачному сыну Птолемея VIII), а затем завещанной Риму в 96 году. С 89 по 88 год гарнизон Александрии поднялся против царя и призвал брата Александра, правившего на Кипре. Александр вынужден был бежать, но был убит в морском бою. Сотер II утвердился в столице, однако ему пришлось усмирять вновь восставший Верхний Египет.
Покидая Александрию, Птолемей Александр оставил бомбу замедленного действия, а именно: завещание, в котором он называл Римский Народ своим наследником — действие тщетно предпринятое, дабы хоть как-то помешать возвращению Сотера на трон. Отныне самые различные политические группы, которые могли оспорить власть в пользу Рима, располагали юридическим документом, провозглашавшим присоединение Египта к Республике. Сотер II пережил своего брата всего лишь на восемь лет. Он был последним из династии Лагидов, обладавший независимой от Рима властью. Римская Республика, раздираемая внутренними гражданскими войнами и вовлеченная в непрекращающийся конфликт против понтийского царя Митридата, не занималась больше египетскими проблемами.
Птолемей Флейтист
Со смертью Сотера его дочь Береника III, к тому времени уже вдова Александра, оказалась единственной наследницей. Так как у нее не было ни мужа, ни сына, с которыми она могла бы править, после нескольких месяцев колебаний египетская царица решилась выйти замуж за внебрачного сына покойного царя, также именовавшегося Александром, жившего в то время на территории современной Италии.
