Внутренняя вражда выродилась, в конце концов, в войну. В 132 году Клеопатра II изгнала из страны своего мужа и дочь, которые укрылись на Кипре. Сумев приблизить к себе молодого Мемфита, Птолемей VIII убил его и послал расчлененное тело юноши его матери в качестве подарка ко дню рождения. Положение ухудшал и тот факт, что страна была разделена между приверженцами Клеопатры II и сторонниками четы Птолемея VIII и Клеопатры III. Разделение это проходило по всему Египту изломанной линией: между Александрией и хорой, между египтянами и греками, между греками и евреями, между соседними городами, которых разделяла давняя вражда.
Птолемей VIII понемногу взял верх, сумев изгнать в свою очередь сестру в 124 году. Но волнения продолжались, внутренние противоречия приводили к непрерывному ряду провокаций, влекущих за собой неминуемые репрессии. Крестьяне покидали свои наделы, сбивались в банды и промышляли грабежом, административная и земельная власть занималась различного рода вымогательствами (сбором незаконных налогов и т. д.), не уважая более право убежища в храмах. Земля не обрабатывалась, цены на основные продовольственные товары постоянно росли, вся страна находилась на грани экономического и социального краха.
В такой ситуации царь решился вернуть свою сестру. Он признал свои ошибки, отводя своему убитому сыну место в пантеоне династии Птолемеев под парадоксальным именем: «Новый Бог, Который Любит Своего Отца» (Теос Неос Филопатор). В конце марта 118 года Птолемей VIII издал тонко рассчитанный указ о полной амнистии, по своему размаху не сравнимой ни с какой другой. Щедрая и одновременно справедливая амнистия оправдывала все действия, совершенные во время гражданской войны, за исключением особо кровавых преступлений и святотатств. Все долги были прощены; земледельцы смогли вернуться в свои владения и начать работать на благо царя. Огромное количество второстепенных постановлений было направлено на пресечение правонарушений, усугублявших кризис, а также на прояснение основных правовых норм, как, например, юридические отношения между греками и египтянами. Вопреки всем ожиданиям эти меры были с радостью восприняты местным населением, а воцарившийся в стране мир, благотворно повлиявший на общую внутреннюю ситуацию, вел государство к процветанию.
24 июня 116 года Птолемей VIII умер в возрасте примерно 68 лет, парадоксальным образом оказавшись одним из самых старых Лагидов, за исключением, пожалуй, только первого Птолемея, не однажды подвергнув опасности будущее своей династии вследствие собственной ошибки.
