Одновременно были приняты жесткие меры по укреплению воинской дисциплины. Помимо разъяснительной, воспитательной и агитационной работы предпринимались меры и другого характера. Так, 28 апреля 1919 года приказом по войскам Южной группы были организованы заградительные отряды для восстановления порядка на железной дороге и борьбы с дезертирством на станциях участка Кинель — Сызранский мост включительно.
Наводился твердый революционный порядок и в тылу Южной группы войск, прежде всего на железных дорогах. Все перемещения по железным дорогам должны были осуществляться по единому плану, утвержденному штабом Южной группы или штабами армий. 2 мая особым приказом М.В. Фрунзе было запрещено начальникам эшелонов, команд и транспортов вмешиваться в работу железнодорожных служащих, а коменданты станций должны были, в свою очередь, строго руководствоваться полученным сверху указаниями. Приказ оканчивался словами: «В случае упущений со стороны комендантов — выполнять их требования, но уведомлять меня».
Окончательный план контрнаступления против армий Колчака сложился не сразу; он претерпел ряд изменений, зависевших не только от последовательной его разработки в трех инстанциях — в штабе главного командования, командования Восточного фронта и командования Южной группы, но еще и оттого, что в каждой инстанции он разрабатывался со своей особой точки зрения.
М.В. Фрунзе пришлось столкнуться с большими трудностями как в период составления и уточнения плана, так и во время его реализации. Враг продолжал продвигаться вперед, и обстановка изменялась каждый день. Резервы только что подтягивались, а ждать было нельзя. Приходилось снимать части с фронта для создания ударной группы и этим самым ослаблять те или иные его участки, т. е. идти на известный риск. Опасность положения под Симбирском и Казанью заставляла командование фронта направлять войска, предназначавшиеся для усиления Южной группы, в другие места.
По некоторым вопросам между М.В. Фрунзе и Реввоенсовета фронта и главкомом возникли разногласия. Они касались, в частности, сроков начала контрудара. Командование Восточным фронтом одно время было склонно начать его после распутицы, тогда как М.В. Фрунзе настаивал на немедленных действиях.
С определенным недоверием к М.В. Фрунзе относился и председатель РВСР Л.Д. Троцкий, который не терпел никаких возражений по поводу своих указаний, а больше всего того, что командующий Южной группой войск Восточного фронта нередко по некоторым вопросам сносился напрямую с ЦК ВКП(б), минуя военное ведомство. Эти настроения подогревал в своих докладах командующий 5-й армией М.Н. Тухачевский, который, оказавшись в подчинении у М.В. Фрунзе, постоянно докладывал Л.Д. Троцкому о всех действиях своего начальника, умышленно выпячивая и даже искажая некоторые факты.
