Но сил для решения такой объемной и сложной задачи было явно недостаточно. В октябре 1918 года белочешские войска и части так называемой «народной армии», созданной Комучем, под ударами Красной армии покатились дальше на восток. Город за городом переходил в руки советских войск. 3 октября была освобождена Сызрань, 7 октября — Самара. В первой половине ноября части Красной армии вернули Ижевск и Воткинск. Успешно развивалось наступление на Уфу, Оренбург и Уральск.
В связи с поражениями на фронте началось моральное разложение вражеских войск и заколебался их тыл. Армия Комуча таяла с каждым днем. Большие потери несли и белочехи. Так, 16 октября 1918 года главнокомандующий белогвардейскими войсками на Восточном фронте генерал Болдырев записал в своем дневнике: «На Самарском фронте плохо. Чехи деморализованы, наши — тоже. Опять появились офицеры-"беженцы". Очень тяжелое положение создается для Уральского войска и Оренбурга. Помочь почти нечем». Дело шло к полному поражению белогвардейских сил в Сибири и на востоке страны.
В Вашингтон, Париж, Лондон, Токио полетели с Урала и из Сибири телеграммы о помощи. «Чехи в буквальном смысле били в набат. Я наблюдал их усилия в Вашингтоне накануне своего отъезда оттуда… Чехи сознавали, что они гибнут в Сибири, и не стеснялись это заявлять», — писал впоследствии в своих «Воспоминаниях» управляющий министерством иностранных дел Колчака Сукин.
В этих условиях, совершив переворот, 18 ноября А.В. Колчак принял титул Верховного правителя Российского государства и звание главнокомандующего. В своем обращении к населению в этот день он писал: «Всероссийское Временное правительство распалось. Совет министров принял всю полноту власти и передал ее мне, адмиралу русского флота Александру Колчаку. Принял крест этой власти в исключительно трудных условиях гражданской войны и полного расстройства государственной жизни, объявляю, что не пойду ни по пути реакции, ни по гибельному пути партийности. Главной своей целью ставлю создание боеспособной армии, победу над большевизмом, установление законности и правопорядка, дабы народ мог беспрепятственно избрать себе образ правления, который он пожелает, и осуществить великие идеи свободы, ныне провозглашенные по всему свету».
Для реализации этих замыслов на территории Урала, Сибири и Дальнего Востока была установлена военная диктатура. После этого началось реформирование всей белогвардейской армии, действовавшей на этой территории.
