Через два дня после расстрела Фанни Каплан было принято постановление Совета народных комиссаров о красном терроре. В нем говорилось, что «Совет Народных Комиссаров, заслушав доклад председателя Чрезвычайной комиссии по борьбе с контрреволюцией о деятельности этой комиссии, находит, что при данной ситуации обеспечение тыла путем террора является прямой необходимостью… что необходимо обеспечить Советскую Республику от классовых врагов путем изоляции их… что подлежат расстрелу все лица, прикосновенные к белогвардейским организациям, заговорам и мятежам…» Постановление подписали народный комиссар юстиции Курский, народный комиссар внутренних дел Петровский и секретарь Фотиева.
Через три дня после покушения на В.И. Ленина, 2 сентября 1918 года, вся Советская Республика была объявлена военным лагерем. Все фронты и все военные учреждения Республики подчинялись Революционному военному совету (РВС) во главе с главнокомандующим, которым являлся народный комиссар по военным и морским делам.
Тогда же был издан приказ об образовании фронтов. Были образованы: Северный фронт (командующий Дмитрий Павлович Парский), штаб которого размещался в Ярославле; Восточный фронт (командующий Владимир Николаевич Егорьев), штаб которого размещался в Арзамасе; Южный фронт (командующий Павел Павлович Сытин), штаб которого размещался в городе Козлове, и Западный район обороны (командующий Андрей Евгеньевич Снесарев), штаб которого размещался в Москве.
В конце сентября 1918 года ЦК РСДРП(б) было разослано циркулярное письмо ко всем членам партии, в котором они ставились в известность о неудачах на Восточном и Южном фронтах. Одной из главных причин этого было отсутствие должной воинской дисциплины и порядка. В этом письме, подписанном Л.Д. Троцким, в частности, указывалось: «Нужно железной рукой заставить командный состав, высший и низший, выполнять боевые приказы ценой каких угодно средств. Не нужно останавливаться ни перед какими жертвами для достижения тех высоких задач, которые сейчас возложены на Красную армию… Красный террор сейчас обязательнее, чем где бы то ни было и когда бы то ни было…»
Последовали новые кадровые перестановки. И.И. Вацетиса на посту командующего войсками Восточного фронта сменил С.С. Каменев. Войска получили большие людские пополнения, оружие, боеприпасы, продовольствие.
После проведенных организационных мероприятий советские войска на Восточном фронте перешли в наступление. Были освобождены Казань, Симбирск, Хвалынск, Сызрань, Самара, Ижевск, Воткинск, Уфа, Оренбург. Ярославль постепенно из фронтового превращался в тыловой город.
