Осенью 1598 г. войска Сигизмунда потерпели поражение в решающем сражении в Южной Швеции. Герцог Карл захватил власть, и в следующем году верные Сигизмунду финляндские войска после ряда жестоких боев капитулировали. В 1599 г., во время взятия Абоской крепости, сорок представителей финляндской элиты, оставшихся верными королю, были приговорены к смерти. Одним из немногих, кто избежал казни, стал Арвид Стольарм, после кончины Флеминга занимавший пост наместника Финляндии. Стольарм был нужен для участия в военных действиях в Прибалтике. Таким грубым способом герцог вершил справедливость. К моменту, когда герцог в 1604 г. стал правителем Швеции под именем Карла IX, в Финляндии были успешно искоренены последние остатки автономии и религиозного инакомыслия. В последующую эпоху официальная идеология страны основывалась на ортодоксальном понимании лютеранства, причем особое значение придавалось теократическому тезису о короле как избраннике Божием.
Таким образом, во второй половине XVI в. Финляндия сыграла видную роль в государственной политике шведского королевства. Впоследствии представители финской национальной историографии подчеркивали, что во время «дубинной войны» дворянство Финляндии руководствовалось национальными мотивами. Однако с 70-х годов XX в. среди части исследователей распространилось мнение, что «дубинная война», напротив, являлась отражением классовой борьбы внутри страны, а верность финляндской знати королю была лишь проявлением ее собственных интересов. Как утверждают новейшие исследования, лояльность финских дворян по отношению к Сигизмунду коренилась, прежде всего, в их общем консерватизме, а также в обоснованном страхе перед местью герцога Карла.
