При постройке тюрем, естественно, старались сократить расходы и нисколько не заботились о здоровье и удобствах заключенных. Папские инструкции гласили, что они должны состоять из небольших камер без доступа дневного света. Участь кающихся, пребывающих в таких условиях в течение долгих лет, была, возможно, не лучше, чем у еретиков, попавших на костер. Они были предоставлены всецело на произвол тюремщиков; жалоб их никто никогда не слушал; если заключенный жаловался на какой-либо акт насилия, то даже к его клятвам относились с пренебрежением, тогда как всякое слово тюремных служителей принималось на веру.
Смертность в этих тюрьмах была огромна. На аутодафе часто объявлялись приговоры по делам заключенных, которые умерли до окончания процесса. На аутодафе в 1300 году упоминалось десять лиц, умерших уже после того, как они созналась в ереси, но раньше решения их дела; в 1319 году было восемь подобных случаев, в 1326 году — четыре, в 1328 году — пять. Антисанитария, болезни, голод часто прекращали страдания несчастных раньше, чем того хотелось бы инквизиторам.
Нужно отметить одну особенность инквизиторских приговоров: они всегда оканчивались стереотипным выражением, оставлявшим за инквизитором право по произволу изменять, смягчать, увеличивать и возобновлять наказание. Еще в 1241 году Нарбоннский собор предписал инквизиторам всегда оставлять за собой это право, и с течением времени оно вошло в норму. В 1245 году Иннокентий IV предоставил инквизиторам, действовавшим совместно с епископами, право изменять наказание — как правило, это делалось в сторону его увеличения. И уж точно ни епископ, ни инквизитор не могли отменить наказание за ересь совсем; привилегия прошения и помилования принадлежала одному только папе — только представитель Бога обладал властью снять страшное пятно с человека.
Смягчали наказание нечасто — обычно в тех случаях, когда чистосердечность раскаяния была очевидной и появлялся повод продемонстрировать милосердие церкви. В 1328 году одним постановлением были освобождены двадцать три заключенных в Каркассоне; тюремное заключение им заменили ношением крестов, паломничествами, бичеванием и другими епитимиями.
Инквизитор мог смягчить или ужесточить наказание, никак не мотивируя свое решение. Собор в Безье в 1246 году постановил: если инквизитор освобождает заключенного, он обязан предупредить его, что первое же новое подозрение на причастность к ереси повлечет наказание без всякой жалости; за инквизиторами оставлялось право повторного заключения таких людей в тюрьму без суда и следствия. Кающийся должен был знать, что свобода, предоставленная ему, всецело зависит от усмотрения судьи; в своем клятвенном отречении он ручался своей жизнью и всем своим имуществом, что явится по первому зову.
