Было два вида тюремного заключения: строгое и обычное. Но в обоих случаях заключенный получал только хлеб и воду и содержался в одиночной камере; любые контакты с внешним миром запрещались, дабы исключить его влияние на обывателей. Осужденные к строгому заключению содержались в оковах, часто их приковывали к стене в узкой и темной камере. Это наказание налагалось на тех, кто целенаправленно соблазнял католиков сойти с пути истинной веры, и на тех, кто совершал клятвопреступление, солгав под присягой; впрочем, степень их вины всецело зависела от мнения инквизитора. Если осужденный принадлежал к монашескому ордену, то его обычно заключали в монастырскую тюрьму, где имелись одиночные камеры. В эти камеры никто не мог входить без специального разрешения, а самому заключенному запрещалось видеть человеческие лица; пищу ему передавали через специальную форточку. По сути, это была могила, где человека хоронили заживо.
Тюремное начальство не заботилось о том, чтобы облегчить участь заключенных. Города, обязанные содержать тюрьмы, смотрели на них как на тяжелое бремя. Даже положение должников, хотя закон ограничивал их задержание сорока днями и предписывал давать им приличный стол, было ужасным — закон обычно игнорировался, так как считалось: чем хуже содержат человека, тем скорее он заплатит долг. С еретиками же и вовсе обращались как со скотом, тем более что денег на взятки после конфискации имущества у них, как правило, не имелось, а проявлять к ним простое участие было опасно.
В 1254 году собор в Альби решил, что новые владельцы конфискованных у еретиков имений должны выделять средства на содержание в тюрьмах своих предшественников по владению; кроме того, нести расходы по содержанию еретиков в тюрьмах обязаны были под страхом отлучения от церкви города и сеньоры, на землях которых схватили несчастных. Святой Людовик, король Франции, извлекавший большие доходы из конфискаций, в 1233 году взял на себя содержание тюрем в Тулузе, Каркассоне и Безье. В 1246 году он приказал своему сенешалю передать тюрьмы в Каркассоне и Безье в распоряжение инквизиторов и доставлять тамошним заключенным ежедневную порцию хлеба и воды. В 1258 году он предписал сенешалю как можно скорее завершить постройку новых тюрем.
Обычным рационом заключенных были хлеб и вода; но при этом в источниках упоминается, что иногда инквизиция — видимо, из каких-то своих соображений — делала отдельным узникам послабления и позволяла получать извне другую еду и вино. Этим пользовались тайные приверженцы ереси — они даже собирали средства в помощь своим лишенным свободы собратьям; эти деньги обычно шли на подкуп инквизиторов. Нельзя не удивиться бескорыстному самоотвержению этих людей, если вспомнить, какой опасности они себя подвергали.
