В теории можно было в случае медленности или неправильности судопроизводства пожаловаться на инквизицию папе, но сделать это следовало раньше объявления приговора, изменить который уже было нельзя. Точнее, папа имел на это право, но пользовался им крайне редко. При этом инквизиторы на вполне законных основаниях могли воспрепятствовать жалобщику. Руководства для инквизиторов содержали на этот счет множество советов и прямо поучали их коварным уловкам. Кроме того, процедура подачи жалоб благодаря своей сложности была доступна только людям, очень хорошо осведомленным в законах. Изредка папа вмешивался в дело по собственной инициативе, особенно если речь шла о людях богатых. Курия всегда была жадна до денег. Богачи, чья жизнь была поставлена на карту, соглашались разделить свое состояние с папским двором, лишь бы уберечься от преследования. Грамоты папских духовников давали неприкосновенность не только тем, кто попал под суд, но и тем, кто опасался вызова в суд, тем, кто был отлучен от церкви за уклонение от суда, и тем, кто был уже осужден. Впрочем, папское вмешательство редко кого полностью выводило из-под наказания — осуждение в той или иной форме все равно было неизбежно.
В реестре каркассонской инквизиции с 1249 по 1258 год записано около двухсот дел, и нет ни одного случая, чтобы заключенный был признан невиновным и выпушен из тюрьмы. Коли против человека не было никаких улик и он отказывался признаться в прегрешении, его держали в тюрьме столько времени, сколько требовалось инквизитору; если поводом к обвинению была косвенная улика и подозрение было легкое, то он мог быть отпущен на свободу под залог и с условием являться к дверям инквизиции каждый день, пока инквизитор не докажет его виновность. К северу от Альп существовало негласное правило, что никто не должен быть оправдан. Если обвинение совершенно заходило в тупик, то суд выносил вердикт: «Обвинение не доказано», но не говорили, что обвиняемый невиновен, так как это могло бы служить помехой для возбуждения нового дела против него.
Признание подозрения виной значительно облегчило инквизиции возможность не выносить оправдательных приговоров. Эдиктом Фридриха II предписывалось, что подозреваемые в ереси должны доказать свою невиновность; в противном случае они лишались покровительства закона.
Подозрение могло возникнуть разными путями, но особенно часто его порождала молва. Право определять степень подозрения в каждом конкретном случае предоставили инквизиторам. Считалось, что подозреваемые еще не пропащие люди, что их нельзя осуждать наравне с еретиками и следует налагать на них относительно легкие наказания, за исключением случаев «тяжелого» подозрения. Если обвиняемый не мог снять с себя «тяжелое» подозрение, его следовало передать в руки светской власти для дальнейшего суда, и часто этот суд оканчивался строгим приговором.
