За ересь в монастырях наказания были жестокими. Каждый день Дионисий должен был делать по тысяче земных поклонов. Подвижник Божий все переносил во славу Господня, и даже вместо «1000 клал ежедневно по 2000 поклонов, по своему усердию. Ему грозили Сибирью и Соловками, а он говорил: «Я рад тому, тое жизнь мне». (137) Так продолжалось около года.
Вернувшись из польского плена, отец царя Филарет, после избрания его Патриархом Руси на первом Соборе признал Дионисия невиновным и вновь поставил настоятелем Троице-Сергиевой Лавры.
Троицкой обителью правил преподобный Дионисий 23 года и скончался в 1633 году 10 мая. Отпевание архимандрита Дионисия совершил сам Патриарх Филарет в Москве, а мощи его были погребены в Троицкой Сергиевой Лавре. Русская Православная Церковь причислила преподобного Дионисия к лику святых. В городах Ржеве и Старице архимандрита стали чтить как местного святого.
В 1904 году церковь Богоявления село Глебово Старицкого уезда посетил Высокопреосвященный архиепископ Тверской и Кашинский Самбикин. Он посоветовал в честь Дионисия поставить часовню, а в самой церкви - престол его имени. В 1905 году рекомендации архиепископа были выполнены. Часовня была построена около перекрестка дорог Степурино - Старица и Десятины - Коко-нягино, в километре от бывшего села Ильинского, где когда-то начал свою церковную службу местночтимый Дионисий. Ежегодно 10 мая в день памяти Дионисия, до закрытия церкви в 1937 году, совершался крестный ход от села Глебово до часовни.
Состояние Старицкого Свято-Успенского монастыря при архимандрите Дионисии лучше всего понять из описи 1607 года, составленной по царскому указу Старицким городовым приказчиком Язвецом Ивановичем Жихаревым. Опись эта хранилась в подлиннике в Старицкой обители, и составлена была при сдаче монастыря архимандритом Пименом новому архимандриту Дионисию. По ней мы узнаем, что в монастыре проживало «иеромонахов и иеродьяконов было 73; послушников 32 человека; слуг монастырских 43». (138) Церквей в обители было три: соборная во имя Успения Божи-ей Матери, с приделом Похвалы Богородицы; трапезная - во имя Введения во храм Пресвятой Богородицы и святые ворота - во имя священномученика Василия Анкирского. Колокольня была деревянная, « на ней четыре колокола, а в особом чулане часы боевые, а при колокольне на столбах висел большой колокол благовестник в 100 пудов, в 250 р., купленный при архимандрите Пимене». (139) Вокруг монастыря была каменная ограда.
