Иноческая жизнь Германа в совершенном уединении была подвержена многим трудностям, и только близость отца Назария, незримая помощь Божия, давали ему избавление по его сердечным молитвам, смягчали от бурь, отводили от бед, проносящихся над святой Назариевой обителью. Герман чувствовал, что в монастыре и на его «Германовой» пустыньке почивает благодать Божия, осеняющая всех, с верою приходящих под кров древнего Валаама, благодать, согревающая верных и страхом поражающая тех, кто дерзал покушаться на целость и благополучие славного детища преподобного Назария.
Неленостно подвизаясь в полном уединении, ограждаемый ангелами Божиими, смиренный Герман ещё более духовно сблизился с отцом Назарием и был счастлив под покровом его молитв и духовной помощи. И всё равно ему были страшные видения, невидимые враги, принимая образы зверей, устремлялись на него, и Герман в эти минуты усердной молитвы прибегал к словам Писания: «Не убоишися от страха нощнаго, от стрелы летящия во дни, от сряща и беса полуденного» (Пс. 90, 5, 6). И не было места унынию в светлой душе его. Чистое сердце молодого монаха слышало великое слово обетования Господня: «С ним есмъ в скорби, изму его и прославлю его…» (Пс. 90, 15).
Усматривая волю Божию в своём неприложном жребии – из пустыни светить Церкви Христовой и милому Отечеству, Герман в Валаамовой обители, в чистоте природного покоя, в тихой келии, в свете негасимой лампады перед образом Спасителя покорно творил молитву ко Пресвятой Троице от Преподобного отца Сергия игумена Радонежского и всея России чудотворца:
«Безначальный, Присносущий и Всемогущий Господи – Боже Отче Вседержителю, Боже Сыне Искупителю мира, Боже Душе Святый, Утешителю и Просветителю рода человеча! Единый по Существу, в Троице же Святых Ипостасей пребываяй, Истинный Боже создавый человека по образу и по подобию Своему причастия ради благости Твоея Божественныя и в население места на Небесах из негоже изриновени быша сопротивльшиися гордостию духове; славою Небесных дарований украсивый и честию обладания мира почтый его и падшаго не отринувый до конца, но по Твоим естественным щедротам (по свойственным Тебе щедротам), благостию и милосердию взыскавый и на первое достоинство возведый.
Сам, Владыко Человеколюбче, и ныне яви Твое человеколюбие непреложное, покажи благоутробие неизменное, никогда же оскудеваемое. Удиви милость Твою непобедимую на избраннем Твоем стаде, утверди милосердие Твое неизреченное на рабах Твоих, верою Тебе служащих. Сохрани Святую Твою, Соборную и Апостольскую Церковь во веки непозыблему, яко да и врата адова не одолеют ей. Спаси люди Твоя Российския и благослови достояние Твое. Соблюди страну нашу на многа лета во благоденствии, утверди её во век века до всемирнаго пременения. Спаси, Царю Небесный, имже вручил еси паству словеснаго стада Твоего, Великаго Господина и Отца нашего Святейшаго Патриарха, Преосвященныя митрополиты, архиепископы и епископы, преподобныя архимандриты и игумены и весь чин священнический, диаконский и иноческий, и весь причет церковный.
