На острове он пережил ещё одну жизненную трагедию. Во время отбытия каторги он познакомился с М. А. Кржижевской. У них завязался роман, и дело шло к свадьбе. Но в июне 1892 года Мария Антоновна скончалась от чахотки. Память о ней он пронёс через всю жизнь, постоянно заказывал службы в церкви, посвятил ей главу в книге «Восемь лет на Сахалине» и книгу «Святая Женщина», а также оставил после себя эпистолярный дневник, посвящённый М. А. Кржижевской.
Когда на Сахалине появился собственный флот, И. П. Ювачёв стал капитаном первого сахалинского парохода.
После освобождения в 1895 году И. П. Ювачёв жил во Владивостоке. Здесь в 1896 году он стал крёстным отцом поэта Венедикта Марта.
В 1897 году он, совершив кругосветное путешествие, вернулся в Европейскую Россию.
В 1899 году вернулся в Петербург, где служил в инспекции Управления сберегательными кассами, был членом-корреспондентом Главной физической обсерватории Академии Наук, издал несколько книг с описанием Шлиссельбургской крепости, Сахалина и несколько религиозно-нравоучительных книг, издававшихся Обществом Трезвости.
В 1902 году женился на Надежде Ивановне Колюбакиной, которая заведовала «Убежищем для женщин, вышедших из тюрем Санкт-Петербурга». Она была родом из дворян Саратовской губернии.
Жили супруги Ювачёвы в казённой квартире, в здании убежища. Здесь через два с половиной года, 30 декабря 1905, родился их сын Даниил.
Позже И. П. Ювачёв участвовал в географической экспедиции в Средней Азии, совершил паломничество в Палестину, служа в управлении сберегательных касс, объездил с командировками всю страну. Находился в переписке и дружбе с Чеховым, Толстым, Волошиным. Вместе с женой И. П. Ювачёв занимался социальной реабилитацией женщин, вышедших из мест заключения.
После революции до пенсии он служил главным бухгалтером Волховстроя, потом — историком-архивистом. Состоял членом общества «Каторга и ссылка», был персональным пенсионером, членом секции научных работников.
Когда в конце 1931 года Хармса (его сын и нескольких его товарищей) арестовали, Иван Павлович мобилизовал все свои «политкаторжные» связи, ездил в Москву, и в результате вместо трёх лет лагеря писатель, обвинённый во «вредительской деятельности в области детской литературы», отделался несколькими месяцами ссылки в Курск.
В эти годы И. П. Ювачёва писал «в стол» богословские работы, изучал иконографию Богоматери, не пропускал ни одной церковной службы, строго соблюдал посты.
