Центральные органы габсбургской монархии, а «по совместительству» и эрцгерцогства Австрии, больше всего вмешивались в дела австрийских провинций, в первую очередь, Нижней и Верхней Австрии, где Фердинанд I значительно ограничил власть сословий. Назначаемые эрцгерцогом главы провинций — Landeshauptmann (в Нижней Австрии — Landmarschall) — выполняли административные и судебные функции, и держали под своим контролем сословияПри этом в Нижней Австрии влияние центральных органов власти было больше, чем в других провинциях эрцгерцогства
Фердинанд I учредил в Нижней Австрии должность наместника, который в качестве чиновника государя, управлял владениями казны и доходами короны. С иси политические стремления сословия эрцгерцогства реализовали с помощью ландтагов; а в периоды между работой ландтагов их функции выполнял выборный сословный комитет. Поскольку в руках сословий находилось исполнение распоряжений эрцгерцога, то они, обладая определенной исполнительной властью, могли реально ограничивать власть центральных органов.
В Чешском королевстве позиции сословий были особенно сильны. Поэтому Фердинанд I, стремясь избежать в первое время открытого столкновения с ними, сохранил существовавшие там ранее органы власти, однако, постепенно изымал из их ведения некоторые дела. Чешская канцелярия продолжала существовать, но для ведения финансовых дел король учредил в Праге новое казначейство. Позже Фердинанд I организовал в Вене особое отделение — Чешскую канцелярию, которую возглавил чешский вице-канцлер. Таким образом, королю удалось уменьшить влияние Пражской канцелярии и решать все главные чешские дела с помощью Чешской канцелярии в Вене. В 1548 г., после чешского восстания 1547 г., Фердинанд I учредил постоянный королевский верховный (апелляционный) суд, где вершились дела, касающиеся дворян, горожан и крестьян. Этот щаг двора пробил брешь в судебной власти сословий.
В королевстве Венгрия с вступлением на престол Габсбургов помимо традиционных органов появились новые институты, связанные в первую очередь с тем, что король постоянно отсутствовал в королевстве. Так, была введена должность наместника, назначаемого королем. Наместнический совет (правительство) под руководством наместника вел повседневные дела королевства. В то же время пост надора на долгое время оказался вакантным. Поскольку надор был первым должностным лицом в государстве и посредником между королем и сословиями, то, оставляя эту должность вакантной, король старался уменьшить влияние сословий на государственное управление.
