В институте Склифосовского в то время работали замечательные хирурги. Сам Юдин, величина мировая, к нему ездили учиться из Европы и Америки. Его ученики – Б. А Петров, д. А. Арапов, Б. С. Розанов, А. А. Бочаров, на войне они были главными хирургами фронтов, флотов, армий.
Отношение институтской элиты к Амосову менялось. Сначала, пока он работал больше как инженер, – попросту не замечали («бродит тут какой-то мальчишка»). Потом, когда Амосов уже ушел из института Склифосовского и приезжал из Брянска – приглядывались. А еще чуть позже смотрели уважительно, как на равного, в чем-то Амосов их превзошел. Сергей Сергеевич Юдин даже позже говорил об Амосове – мой ученик! «Хотя, – признавался Николай Михайлович, – я даже скальпель в его институте не держал. Нет, ни к какой школе я не принадлежал, учителя у меня не было. Честно. Но кое-что у юдинцев подсмотрел – да».
Но Амосова угнетало отсутствие самостоятельной работы, не было хирургии. Техника не интересовала, тем более что не было мастерской для полноценной ее наладки, а оперировать не давали, ему надоело смотреть на чужие операции, но никто не предлагал даже ассистировать. Без хирургии Москва не прельщала, и он задумал уезжать: «С 18 лет, с электростанции, привык командовать и делать дело. А тут – вовсе безделье». В Москве Амосовы прожили только до марта 1947 года.
Амосов изучал объявления в «Медицинском работнике», ходил в Минздрав. Трудно было устроиться после войны. Помогла бывшая госпитальная старшая сестра из Брянска Л. В. Быкова, она рассказала о вакантном месте в Брянской областной больнице, и Амосова взяли туда заведующим отделением и главным хирургом области. Амосов восхищенно вспоминал, что о таком месте не смел даже мечтать!
Больница была вполне приличная, здание ее было выстроено перед войной. Главный врач, Николай Зинонович Винцкевич, пожилой терапевт, еще из дореволюционной интеллигенции, принял Амосова тепло. А Юдин его не задерживал, видимо, Николай не оправдал надежд в плане инженерной премудрости – технику все-таки не починил, да и карьерную премудрость не освоил. Сказал только: «Что ж, поезжайте».
Шесть лет работы в Брянске прошли, по словам Амосова, как в сказке – отличная работа, отличные люди: помощницы – врачи из бывших военных хирургов, – и хорошая администрация больницы. Но главное – работа, где все зависело от него, от хирурга. Много сложных больных и новых операций – на желудке, на пищеводе, на почках – во всех областях тела. Но самыми важными были резекции легких – при абсцессах, раке и туберкулезе. Такие операции в Советском Союзе никогда не делались, методику Амосов разработал самостоятельно и за четыре года прооперировал больных больше всех хирургов в Союзе. Была также интересная работа в области с районными хирургами: нужно проверять и учить, Амосов много ездил, проводил конференции, показывал операции. И завоевал заслуженный авторитет, хотя вначале был беспрецедентно молод для такой должности.
