Канцлер Парижского университета Иоанн Карл Герсон в 1404 году в прованском городе Тарасконе, выступая с проповедью в присутствии папы Бенедикта XIII и защищая права галльской церкви, между прочим сказал: «Заблуждался Рим, признавая столь долгое время женщину своим духовным начальником».
Чуть позже, защищая свои взгляды перед Констанцским собором в 1415 году, Ян Гус также упоминал о папессе. В частности, когда его упрекали, что он писал, будто церковь может существовать без видимого главы, Гус ответил, что «без главы и начальника была церковь, когда в течение двух лет и пяти месяцев папствовала женщина Иоанна». И далее: «…можно ли считать безупречным и незапятнанным папу Иоанна, оказавшегося женщиной, которая публично родила ребенка?». Никто из участников собора ему не возразил. Впрочем, позднее, в этом же веке, с зарождением научной исторической критики некоторые авторы начали доказывать, что рассказ о папессе – мистификация. Так делали, например, Энеус Сильвиус Пикколомини и Платина. В то же время легенда вошла в просмотренное и одобренное римской курией издание «Путеводитель по городу Риму», которое в эпоху Возрождения предлагалось каждому путешественнику, посещавшему Вечный город. До конца XVI века не нашлось человека, который доказал бы необходимость выкинуть из «Путеводителя» рассказ об Иоанне и местах, с ней связанных. В XVI веке писатель Марио Экикола утверждал, что Всевышний вознес папессу Иоанну на престол, чтобы продемонстрировать равенство между мужчинами и женщинами.
Сильная, чувственная, смелая женщина, бросившая вызов косности мрачной средневековой эпохи и могущественной католической церкви стала притягательной фигурой для литераторов и романтиков от истории. Особое же звучание легенда о женщине на престоле Св. Петра получила в эпоху Реформации. Некоторые противники католической церкви использовали ее как часть своей антипапистской пропаганды и делали это вплоть до конца XIX века. Однако один из видных авторов-кальвинистов, Давид Блондель, в середине XVII века отрицал достоверность этой легенды, посвятив ей отдельный труд «Тщательное освещение вопроса: Как женщина могла занять папский трон в Риме». За это он, кстати, был строго осужден единоверцами.
С XVI века стали отрицать возможность пребывания Иоанны на папском престоле и католические историки: кардинал Бароний, Панвинио, Авентинус и др. Заклеймили историю о женщине-папе как выдумку и немецкий философ Вильгельм Лейбниц, и французские энциклопедисты. Большинство историков перестало воспринимать сказку о папессе после фундаментального исследования, проведенного в середине XIX века немецким ученым фон Дёллингером.
