По прибытии на Корсику, где при поддержке корсиканского патриота Паскуале Паоли англичане рассчитывали создать военную базу, Нельсон нашел новый повод для недовольства. Старший на этом фронте, английский офицер сэр Дэвид Дандас, занимался эвакуацией англичан из Тулона и, конечно же, не желал отвечать за новую неудачу. Отряд под его командой занял порт Сан-Фьоренцо на северо-западном побережье острова, однако атаковать две его главные крепости, Бастию и Кальви, до прихода подкреплений с Гибралтара, он не решался. Нельсон же, в чью задачу входило не дать французам перебросить сюда людские резервы и продовольствие, всячески уговаривал лорда Худа пренебречь предостережениями армейского командования и разрешить штурм Бастии. При этом он скрыл от адмирала подлинную силу французского гарнизона, явно преуменьшив его возможности: «Пехота передвигается так медленно. Морякам даже кажется, будто она стоит на месте… Нас немного, но мы сильны… Где это видано, чтобы две тысячи английских бойцов, с которыми никому не сравниться, испугались восьми тысяч французов, позволив им укрыться за башенными стенами? Как бы на нашем месте поступил бессмертный Вулф?» Отказ от штурма, продолжает Нельсон, явился бы «национальным позором»: «Тысячи человек вполне хватит для взятия Бастии. Имея в своем распоряжении пятьсот и «Агамемнон» в придачу, я готов попробовать».
В конце концов под давлением Нельсона, уже совершившего несколько налетов на побережье, последовало разрешение штурмовать Бастию. На берег у стен крепости должно было высадиться две тысячи человек под командой Нельсона и подполковника Уильяма Виллетса, сына дипломата, выходца из гугенотской семьи. При всех трудностях предприятия — тяжелые орудия приходилось тащить по острым камням и через глубокие овраги при помощи салазок и талей, батареи устанавливать на самодельных платформах в колючем кустарнике, maquis, как его здесь называли, — Нельсон не сомневался в успехе. «Эта экспедиция, — писал он домой, — мне почти как родное дитя. Относительно результата я не беспокоюсь. Нас ждет победа. Бастия будет нашей… Мои матросы — пример того, какими и должны быть английские моряки… Они практически непобедимы, пули, летящие в них, кажутся им не страшнее гороха».
Тем не менее под огнем атакующим приходилось не сладко. Шестеро офицеров «Агамемнона», люди, по словам Нельсона, «пулям не кланяющиеся», были убиты. Лейтенанта Джорджа Эндрюса, брата той самой девушки, на которой Нельсон собирался жениться в Сен-Омере, ранило, да и самого капитана, от опасности никогда не бежавшего, в один из моментов штурма сильно задело осколком ядра в спину, а в другой едва не убило — после очередного взрыва его полностью засыпало землей. Но и пушки «Агамемнона» тоже собирали свою жатву. Перебежчик сообщил: большая мортира в крепости дважды выходила из строя. Помимо того, благодаря установленной Нельсоном блокаде с моря у защищающихся практически исчерпались запасы продовольствия. Тем временем из глубины острова к месту событий приближался английский отряд, посланный на поддержку атакующим из Сан-Фьоренцо. 23 мая 1794 года гарнизон Бастии, под угрозой оказаться в руках беспощадных корсиканских патриотов, открыл ворота, и, в сопровождении военного оркестра, исполняющего национальный гимн, англичане вошли в крепость.
