Ученый отмечал также, что семена некоторых сорняков прорастают только при наличии в поле определенной культуры. В качестве примера он приводил зерна дикого овса, которые могут лежать в почве несколько лет, до тех пор, пока на данном поле не будет посеяна яровая зерновая культура.
Описывая вред, причиняемый сорняками, Болотов подчеркивал, что они не только засоряют поля, но и заглушают, а порой полностью вытесняют культурные растения, лишая их солнечного света, воды и питательных веществ. Ученый также писал, что сорные травы попадают во время жатвы в снопы и затрудняют их сушку. Скирды, сложенные из таких сырых снопов, часто загнивают, колосья плесневеют, делаются затхлыми, а семена теряют всхожесть. Кроме того, Болотов отмечал, что при обмолоте семена сорняков смешиваются с зерном, значительно снижая его товарность. Андрей Тимофеевич предупреждал также, что мука, приготовленная из такого зерна, может оказаться вредной для здоровья человека и животных, а хлеб, выпеченный из нее, будет темного цвета, безвкусный или совершенно горький. Такой хлеб быстро черствеет и покрывается плесенью.
На основании своих исследований биологии сорных растений Болотов разработал довольно стройную для того времени систему борьбы с ними. Он предлагал тщательно очищать семена культурных растений, создавать неблагоприятные условия для роста и развития сорняков (подбор почвы для посева культурного растения, препятствующий росту его основного сорняка; применение приемов обработки почвы, мешающих развитию сорняков или уничтожающих их; выбор сроков посева для культурных растений которые будут неблагоприятны для сорняков), а также уничтожать их, когда предупредительные меры не помогают.
Болотов разработал также систему мероприятий для искоренения одного из самых опасных сорняков - дикого овса.
Он считал необходимым на засоренной диким овсом почве сеять озимые хлеба или ранние яровые, так как при этом семена сорняка не прорастают.
Кроме того, ученый предлагал на засоренных полях сеять такие культуры, «...между которыми дикий овес вы растает, но оные поспевают еще прежде, нежели он осыплется». Андрей Тимофеевич отмечал, что в результате дикий овес при уборке будет увозиться с поля вместе с семенами и пашня очистится от него. Болотов предупреждал, что собранное зерно нельзя употреблять на семена. Он также рекомендовал скашивать посевы, не давая созреть ни основной культуре, ни дикому овсу, и скармливать их скоту; сеять на поле, засоренном сорняком, растения, которые требуют тщательной прополки (лен, морковь) и обработки междурядий (капуста, картофель); производить посев поздних культур (репа). Ученый писал, что в последнем случае взошедший сорняк будет уничтожаться предпосевной вспашкой.
