Классическая империя превратилась в средневековую Европу не только под давлением варваров. В дополнение к соглашению с готами 382 год ознаменовал начало окончательной победы христианства в империи. Весьма характерно, что все началось с ужасной болезни. Отправившись в Фессалоники, Феодосий заболел настолько серьезно, что приближенные опасались за его жизнь. Как и все христианские императоры, он откладывал свое крещение, надеясь смыть все свои грехи в последний момент и чистым предстать перед небесным судией. Был вызван местный епископ, и после торопливой церемонии умирающий император был крещен. К огромному изумлению окружающих, император полностью оправился от болезни, и ко времени, когда он достиг Константинополя, он стал совершенно другим человеком. Как некрещеный христианин, Феодосий мог позволить себе не прислушиваться к голосу совести, поскольку мог рассчитывать на крещение в последний момент, которое смыло бы с него все дурное, совершенное им. Теперь он был полноправным членом церкви, но все же не ставил себя выше духовной власти епископов. Больше он не мог высокомерно отдать приказ казнить невинных или игнорировать ересь, которая разрывала церковь. Его священным долгом было возродить и мирскую, и церковную власть. Пренебречь чем-то одним означало подвергнуть свою душу опасности.
Почти каждый император после Константина — даже Юлиан, пусть и на свой лад — поддерживал ересь Ария, и эта имперская опека только способствовала разногласиям внутри церкви. Намереваясь раз и навсегда положить этому конец, Феодосий созвал великий церковный собор в Константинополе и предложил явным образом осудить арианство. После некоторых размышлений епископы так и поступили, однозначно подтвердив тем самым решение Никейского собора и дав Феодосию официальное разрешение выступить против ереси. Император принялся за дело с решительностью, какой никогда не проявлял Константин. Ариан вынудили покинуть их церкви, и без имперской поддержки их конгрегации скоро исчезли. Во всей империи только готы упрямо оставались арианами, но хотя вскоре они и подчинили себе Запад, они никогда не предпринимали серьезных попыток обратить своих христианских подданных. После шестидесяти мучительных лет борьбы спорам с арианами наконец пришел конец.
Дела с церковью были улажены, и Феодосия убедили погасить догорающие угольки язычества. Хотя оно глубоко укоренилось в империи, для большинства жителей язычество давно уже сводилось к набору освященных веками традиций без какого-либо значимого религиозного наполнения. Но поскольку храмы представляли собой общественную собственность, они продолжали содержаться на общественные средства, и тот неудобный факт, что христианский император финансирует языческие ритуалы, ужасал истового советника императора, епископа Амвросия Медиоланского.
