Потом Провачек работал в Медицинском институте в Берлине, а с 1907 г. в Институте корабельных и тропических болезней в Гамбурге. Но еще до того, как переехать сюда из Берлина, он совершил свою первую заморскую поездку: участвовал в экспедиции в Батавию (о. Ява), организованной знаменитым дерматологом-венерологом Альбертом Нейссером для изучения сифилиса. Находясь в экспедиции, Провачек изучал также трахому и оспу.
Последнее десятилетие перед началом первой мировой войны заполнено разносторонней деятельностью. Она может показаться нам даже немного торопливой, лихорадочной. Провачек изучает вопросы наследственности, иммунитета, фитопатологии, патологии насекомых, исследует малярию, оспу, трахому, занимается другими медико-санитарными проблемами. И при этом неустанно путешествует: предпринимает экспедиции по европейским странам, на Яву, в Китай, Японию и Индию. В Бразилии, где он помогал погасить эпидемию оспы, умудрился проникнуть даже в девственные леса в области Мату-Гросу. В 1910–1912 гг. посетил Суматру и около 35 островов из группы Марианских островов и Островов Мореплавателей (Самоа) и сделал там почти 400 глазных операций. Туземцы на острове Савайи в знак благодарности избрали Провачека почетным старейшиной, и на торжественной церемонии он не только получил имя Лалоло, но и должен был подвергнуться ритуальной татуировке. Главной целью этой экспедиции Провачека было изучение трахомы, но попутно он собрал и материал для своей самой большой по объему работы, посвященной природе островов, где он побывал.
После двухлетнего пребывания в экзотических краях Провачек возвратился в Европу, которая уже начала содрогаться от военных событий. Во время Балканской войны разразилась эпидемия сыпного тифа в Сербии и среди пленных в Турции, и Провачека, как уже упоминалось мельком, бросили на борьбу с эпидемией. Когда же грянула мировая война, под угрозой сыпного тифа оказалась и Центральная Европа. Вот тогда Станислав Провачек и получил свое последнее служебное задание, последнюю командировку. В рождественские праздники 1914 г. заехал на минутку в Вену к друзьям, в последний раз повидался с родителями. А уже 8 января 1915 г. приступил к работе в лагерной больнице в Хотебузе, где среди русских пленных вспыхнула эпидемия сыпного тифа.
Уже тогда Провачек был уверен, что сыпной тиф переносится платяной вошью и, следовательно, чистота — одно из важных средств против распространения инфекции. Спустя две недели после приезда в Хотебуз он сообщает своим коллегам в Гамбург, что из 10 000 пленных заболело 4000, а около 250 человек уже умерло. Провачек описывает, как в лагере ведут борьбу с инфекцией, уничтожая вшей и проводя дезинфекцию. «Сами мы спасаемся от вшей только плотно облегающими халатами, резиновой обувью и смазыванием сапог анисовым маслом. Вшей здесь миллионы… сыплются дождем. Опасность инфекции гораздо больше, чем это можно предполагать в лаборатории».
