Первые ценные результаты получили эпидемиологи. Проведенные ими исследования показали, что инфекция могла распространяться либо с питьевой водой, либо с продуктами питания. Снять подозрение с питьевой воды оказалось совсем несложно: выяснилось, что заболеваемость никак не зависела от того, какую воду пили жители — водопроводную или колодезную. Также без колебаний можно было исключить из числа подозреваемых мясные продукты, кондитерские изделия и овощи.
Затем все внимание было сосредоточено на молочном заводе. Сегодня может показаться невероятным, что рожнявский молокозавод в то время помещался в одноэтажном здании, а вход в цех был прямо с немощеной главной улицы. Да и в остальном завод находился в плачевном состоянии. Пастеризационный аппарат был разбит, собираемое от мелких хозяев молоко только смешивали, частично пропускали через сепаратор, охлаждали и сразу же рассылали по магазинам, чьими услугами пользовалось подавляющее большинство жителей Рожнявы и обоих пострадавших поселков (Рудна и Надабула). С завода молоко поступало и в общежития для учеников ремесленного училища, среди которых также имелось несколько заболевших. Качество молока в не по-весеннему жаркие дни было очень плохим: при кипячении свертывалось, и потому его употребляли преимущественно в сыром виде.
Усиливающееся подозрение эпидемиологов подкрепилось тем фактом, что, за исключением 4 случаев (всего заболело 660 человек), все пациенты покупали молоко в магазинах. При разборе этих 4 случаев — официально их именовали находящимися на самоснабжении — обнаружилось, что и здесь след ведет к молочному заводу.
Параллельно с эпидемиологами вели поиски и другие специалисты. Все сошлись на том, что «рожнявская болезнь» — это воспаление мозговых оболочек и головного мозга и что ее возбудителем служит, вероятно, вирус. На основании микробиологического исследования были со всей определенностью отклонены предположения о бактериальном происхождении болезни. Поэтому большое значение имела работа вирусологов. В опытах по выделению вируса они обрабатывали взятые у больных пробы — будь то спинномозговая жидкость, сыворотка крови, промывание носоглотки или моча и кал — и разными способами прививали их лабораторным животным (белые мыши, молодые морские свинки и кролики, лабораторные крысы, золотые хомяки), ягнятам, подсвинкам, а также куриным зародышам.
Только один опыт увенчался успехом: из сыворотки крови 17-летнего больного в острой лихорадочной стадии удалось выделить вирус, тип которого обозначили буквой «R». Но и это открытие еще не дало однозначного ответа: выделенный вирус хотя и был близок к вирусу клещевого энцефалита, но не был тождествен с ним, а некоторые его свойства не позволяли провести более подробных лабораторных тестов. И только серологические исследования других больных отчетливо показали, что эпидемию вызвал вирус клещевого энцефалита. Такое заключение, казалось, противоречило тому, что выяснили эпидемиологи. Каким образом вирус клещевого энцефалита попал в молоко? А куда девались клещи? Ничего подобного из литературы до сих пор не было известно.
