Прежде всего, следует упомянуть о неразберихе с орудием преступления. 2 сентября рабочий А. В. Кузнецов принес в ВЧК якобы найденный им «тот» револьвер. В нем не хватало трех патронов. Через год в ВЧК поступил донос на сотрудницу этой организации Зинаиду Легонькую. В нем говорилось о том, что это именно она стреляла в Ленина. Действительно, Легонькая после покушения была возле завода Михельсона. Она же участвовала в обыске Каплан. Но ведь оружия тогда не нашли! А теперь после обыска на квартире Легонькой нашли. Объяснение, которое она дала, представляется довольно диким для сотрудницы ВЧК. Легонькая заявила, что нашла браунинг в портфеле Каплан и решила оставить себе на память, как сувенир. Трудно себе представить, что должны были с ней тогда сделать за это. Действительно трудно: ее… отпустили.
1 сентября 1918 года «Известия ВЦИК» сообщили: «Из предварительного следствия выяснено, что арестованная, которая стреляла в товарища Ленина, состоит членом партии правых социалистов-революционеров черновской группы. Она упорно отказывается давать сведения о своих соучастниках и скрывает, откуда получила найденные у нее деньги… Из показаний свидетелей видно, что в покушении участвовала целая группа лиц, так как в момент, когда тов. Ленин подходил к автомобилю, он был задержан под видом разговоров несколькими лицами. При выходе был устроен затор публики. Принимаются все меры к выяснению всех обстоятельств дела. Задержано несколько человек». Действительно по делу о покушении были арестованы и доставлены в ВЧК для допроса 14 человек. Всех их затем оправдали и освободили.
В следственном деле есть показания 17 свидетелей. Однако ни один из них категорически не смог утверждать, что в Ленина стреляла Каплан. Хотя все они заявляли, что стреляла женщина. Но ведь первый вопрос, который задал после покушения Владимир Ильич своему водителю, был таким: «Его поймали?» Возможно, он видел, что в него стрелял мужчина? Как ни странно, но никто из свидетелей не запомнил и лица преступницы или преступника…
После первых допросов на Каплан перестали смотреть как на организатора покушения. Это вытекало из содержания вопросов, которые ей задавали. Однако ее упрямо выставляли террористкой-одиночкой. Вполне возможно, что она не стреляла, но также возможно, что она действительно участвовала в этом деле. Только роль ее была иной. Скорее всего Каплан должна была отслеживать перемещения Ленина в тот день, чтобы знать наверняка, будет ли выступать он на митинге, и передать сообщение исполнителям. По собственным показаниям Фанни, она приехала «на митинг часов в восемь». Именно тогда многочисленные свидетели и видели эту странную, а потому легко запоминающуюся женщину. Но кто же являлся организатором теракта? Следствие на этот вопрос ответа не дало. 31 августа был проведен последний допрос Каплан на Лубянке.
