В апреле 1959 года расисты стали изгонять рабочих из столицы на ее окраину Катутура. В «черных кварталах», разделенных по зонам в соответствии с этнической принадлежностью, расистам было легче «разделять и властвовать», разжигать рознь.
10 декабря «переселенцы» организовали демонстрацию протеста против решения колониальных властей. Полиция, окружив манифестантов, открыла огонь. Одиннадцать человек было убито, пятьдесят четыре ранено, сотни брошены в тюрьмы.
— Расправа в Виндхуке, — рассказывает С. Нуйома, — открыла глаза многим. Мы поняли, что белые расисты готовы на крайние меры, чтобы пресечь любые формы сопротивления. Нам необходимо было сплотиться, объединить рабочий класс разных племен и народностей страны.
19 апреля 1960 года в глубоком подполье была создана СВАПО. Оккупационные власти сразу осознали опасность, которую представляла для них организация, пользовавшаяся поддержкой народа. Расисты начали тотальное преследование активистов организации. Руководство СВАПО направило Сэма Нуйому за границу, чтобы развернуть кампанию протеста против произвола ЮАР в Намибии. С трибуны ООН он выступил с рассказом о тяжелом положении намибийских трудящихся, с призывом к мировой общественности поддержать борьбу.
В 1964 году на территории Намибии была создана партизанская база, а в ряде африканских стран началась военная подготовка активистов движения. В 1965 году Организация африканского единства признала СВАПО единственным полномочным представителем намибийского народа и заявила, что она имеет право вести вооруженную освободительную борьбу. Первая военная операция партизан Народно-освободительной армии Намибии (ПЛАН) была проведена 26 августа 1966 года. Через месяц, 27 сентября, был разгромлен гарнизон войск ЮАР в Ошиканго.
Затем боевые подразделения стали проникать в центр страны. Небольшие мобильные группы, вооруженные стрелковым оружием, базуками, минометами, организовывали засады на патрули оккупационных войск, проводили налеты на военные объекты. В октябре 1968 года, после нападения патриотов на лагерь южно-африканских карателей в Восточном Каприви, войска ЮАР начали операцию «чистки». Шестьдесят три патриота были убиты, сотни ранены. Колониальные власти стали создавать вдоль реки Окаванго «укрепленные деревни», а точнее, концлагеря, окруженные колючей проволокой.
Тогда, напуганные террором, намибийцы стали покидать страну. Лагеря беженцев появились в Замбии, Ботсване, других соседних африканских странах.
