В Лейдене также были теологи, в частности два проповедника несхожих друг с другом учений: Якоб Арминий, основатель «предостерегающей» церкви, и Франциск Гомар, сторонник сохранения изначального принципа кальвинизма, по которому судьба человека предначертана свыше и избегнуть ее нельзя. Их споры разожгли конфликт между Великим Пенсионарием Йоханнесом ван Олденбарнвелде и принцем Морицем Нассауским. Дордрехтский синод (1618–1619) признал правоту за гомаристами, противниками дробления религии на многочисленные направления, что привело к изгнанию арминиан из Университета и казни Великого Пенсионария. Сто сорок лет спустя Вольтер вспомнил об этом «человеке, считавшем, что можно спастись добрыми делами точно так же, как верою». Старые споры о предопределении привели к нескольким казням.
В Университете были и юристы, причем небездарные, такие, как Гуго Гроций, обосновавший вольность морей и то, что голландцы вправе отправляться торговать в Индию; врачи, которые в 1581 году устроили в бывшей церкви монахинь-бегинок анатомический театр, где публично препарировали животных и людей; и математики, как Симон Стевин, который был также инженером и около 1600 года изобрел парусную повозку, чтобы отвезти своего ученика, принца Морица Нассауского, на пляж Шевенинген с невероятной скоростью в 42,5 км/час — того самого Морица, которому французский драматург Жан де Шеландр, бывавший в Лейдене, посвятил одно из своих произведений; а окружали всех этих ученых и мыслителей печатники, издатели — Плантены, затем Эльсевьеры, которые в 1587 году открыли свою контору в самом Университете. Мало-помалу там составилась необыкновенная библиотека. Отовсюду приезжали интересующиеся заглянуть в книги, прикованные цепями к стеллажам.
Таким образом, для гуманистов, бродивших по Европе, Лейден был центром притяжения. Там можно было встретить немцев, датчан, шведов, поляков, англичан, венгров. В 1621 году там проживало около пятидесяти французов. Среди них — выдающиеся студенты. Гез де Бальзак, Теофиль де Вио учились в Лейдене. Рене Декарт записался 27 июня 1630 года на математический факультет. Он присутствовал на вскрытиях в анатомическом театре. В 1636 году он вернулся в Лейден, чтобы подписать контракт на издание своего «Рассуждения о методе» на французском языке. «На французском, — подчеркнул он, — чтобы все, даже женщины, могли его прочитать». И, возможно, был неправ, поскольку Спиноза познакомился с этим произведением гораздо позже, когда оно было издано на латинском.
