На среднем Рейне возникла война с хаттами, которые своими набегами ставили под угрозу рейнскую границу. В результате двух кампаний под руководством самого императора (83 и 89 годы) на среднем и верхнем Рейне римские владения были несколько расширены. Дион Кассий – еще один римский историк – именно Домициану приписывает присоединение к Империи новых прирейнских земель: «В 83 году Домициан совершил поход против хаттов. Хотя решительного сражения не произошло, поход был успешен: к Риму были присоединены «Декуматские поля» – большой клин германских земель между Рейном и Дунаем».
На правом берегу Рейна Домициан положил начало той укрепленной полосе, которая получила название «лимес» (граница, рубеж), и в течение нескольких столетий сдерживала напор германских варваров. Она состояла из сложной системы военных лагерей, укреплений и дорог, соединявших их друг с другом. Гораздо сложнее и опаснее была обстановка на дунайской границе. Племена даков, жившие на территории нынешней Румынии и Трансильвании, объединились под руководством одного из своих вождей, талантливого Децебала. Он реформировал свое войско по римскому образцу и в 86 году вторгся через Дунай в Мезию. Легат провинции был разбит и пал в сражении. Тогда Домициан лично явился на театр военных действий. Чтобы отвлечь противника, префект преторианцев Корнелий Фуск с крупными силами вторгся в Дакию, но потерпел поражение и погиб. Два или три года спустя его преемник Теттий Юлиан снова вторгся в Дакию и, наконец, одержал победу над Децебалом.
Однако в этот самый момент Домициан был вынужден приостановить дакийскую войну. На среднем Дунае коалиция германских и сарматских племен – свевов, квадов и маркоманов, – подстрекаемая Децебалом, напала на римскую границу. Император направился на защиту атакованного участка, но потерпел поражение.
Домициан прекрасно понимал, что продолжение войны на необъятных задунайских просторах будет стоить огромных потерь материальными средствами и людьми и едва ли даст прочные результаты. Поэтому он приостановил войну на среднем Дунае, а с даками заключил мир. Децебал сохранил свою территорию, получил с римлян контрибуцию («субсидию»), но зато признал себя вассалом Домициана (89 год). Дунайские войны послужили поводом к укреплению римских границ и в этом районе. Военные операции на Дунае были осложнены резким обострением внутреннего положения. Во время дакийских войн наместник Верхней Германии Луций Антоний Сатурнин восстал с двумя легионами, заручившись поддержкой германских племен. Однако союзники не смогли поддержать его в решительный момент. Сатурнин был разбит нижнегерманскими войсками и умерщвлен (88 год). Восстание Сатурнина окончательно испортило отношения между Домицианом и высшим римским обществом. Вторая половина его царствования, и особенно последние годы, отмечены рядом процессов об «оскорблении величества». Снова из Италии были высланы философы. Многие подверглись казни и конфискации имущества. Жертвами Домициана пало даже несколько членов императорской семьи.
