В 1613 году испанцы отбыли из Японии, ничего не добившись. В том же году Иэясу начал широкомасштабную кампанию по искоренению христианства в Японии. По результатам начавшегося расследования стало ясно, что иезуиты и францисканцы (число первых в Японии в начале правления Иэясу достигло 120, вторых – не менее 30 человек) не только почти полностью контролировали Нагасаки и пользовались поддержкой многих князей Кюсю, но и наладили широкие связи в государственном аппарате сёгуната в центральных районах страны, используя обращение в новую веру и нередко подкуп чиновников, среди которых были и очень высокопоставленные. Не исключено, что Иэясу уже начал видеть некий всеобщий «христианский заговор» против существующей власти в стране. Тем более что христиан было полно в стане его главного противника – Хидэёри, который, как мы помним, спешно укреплял Осакский замок и сзывал под свое знамя – золотой ковш его великого отца – ронинов со всей страны. В результате началась серия репрессий против католиков в Японии. Была произведена чистка госаппарата, откуда изгонялись заподозренные в нелояльности к сёгунскому режиму и приверженности иноземному учению, снова официально объявленному вредным для государства и подрывным. Указ, изданный в июне 1613 года, призывал всех буддистских и синтоистских священников к бдительности и активной деятельности против европейских падре, несущих чуждые стране Ямато порядки и идеи. Вновь были подтверждены запреты времен Хидэёси относительно собраний христиан для богослужений и сооружения церквей. Основной удар пришелся по Нагасаки – этой «обители злого учения». Интересно, что абсолютное большинство запретов исходили не за подписью и печатью сёгуна, а от местных властей, чтобы в случае конфликтов с европейскими дипломатами можно было списать гонения на излишнее рвение местных чиновников. Впрочем, указ 1614 года вышел от имени самого сёгуна. В результате за последние годы правления Иэясу (который умер в 1616 году) число иностранных миссионеров уменьшилось в 3 раза – часть покинула страну, некоторые были казнены, как, например, испанский монах Сотэло, построивший в 1613 году часовню в Эдо и освятивший ее без разрешения сёгуна. Монаха казнили в том же году вместе с 26 его японскими прихожанами в назидание непокорным, дабы никто не смел нарушать законы, изданные новым сёгуном, который, впрочем, и далее не хотел особо афишировать свою личную причастность к гонениям на своих неблагонадежных поданных-христиан.
