После приезда в Таганрог 5 (17) ноября Виллие записал в дневнике: «Скверная ночь. Отказ от лекарств. Он меня приводит в отчаяние. Я опасаюсь, чтобы это упрямство не привело как-нибудь к плохим последствиям». Через три дня врач поставил диагноз – «желчная лихорадка желудка», а еще через два дня записал: «Он очень плох сегодня». В своем дневнике 11 (23) ноября Виллие писал: «Когда я говорю ему о кровопускании и о слабительном, он сердится и не изволит разговаривать со мной»; 14 (26) ноября: «Все очень плохо, хотя горячки нет. Я хотел дать соляной кислоты в питье, но получил, как обычно, отказ». Уже 15 (27) ноября Александр исповедался и причастился после того, как Виллие в присутствии императрицы возвестил ему о приближении конца. Священник умолял Александра исполнить все предписания врачей, но было поздно. Виллие 18 (30) ноября писал: «Никакой надежды спасти моего обожаемого государя». Мучительная агония продолжалась почти двенадцать часов. В четверг, 19 ноября (1 декабря) 1825 года, в 10 часов 50 минут, монарх испустил последний вздох. Императрица, не отходившая от больного, закрыла его глаза и своим платком подвязала ему подбородок…
На следующий день состоялось вскрытие и бальзамирование тела императора. В протоколе о вскрытии тела сказано: «Сие анатомическое исследование очевидно доказывает, что августейший наш Монарх был одержим острою болезнью, коею первоначально была поражена печень и прочие, к отделению желчи служащие органы; болезнь сия в продолжении своем постепенно перешла в жестокую горячку с приливом крови в мозговые сосуды и последующим затем отделением и накоплением сукровичной влаги в полостях мозга, и было наконец причиною самой смерти Его Императорского Величества». Протокол был подписан девятью докторами и засвидетельствован генерал-адъютантом Чернышевым, причем в нем зафиксированы следы рожистого воспаления на левой ноге царя и раны, полученные в 1823 году от удара конским копытом на его правой ноге (царя тогда лягнула в правую голень лошадь адъютанта). Позднее, 26 февраля (9 марта) 1826 года Виллие по указу Николая I проводил осмотр тела покойного и донес, что «не нашел ни малейшего признака химического разложения, и тело находится в совершенной сохранности».
После панихиды в Царском Селе в присутствии царской семьи гроб Александра I был вскрыт. Императрица Мария Федоровна несколько раз целовала руку усопшего и говорила: «Да, это мой дорогой сын, мой дорогой Александр». Она трижды возвращалась и подходила к телу.
