В первом книжном варианте в издательстве «Детская литература» (1971) роман хотя и вышел в более полном виде, чем в журнальном, но из-за суровой цензуры имел чрезвычайно много купюр. Сегодня в нем насчитано более семи сотен отклонений от первоначального авторского текста. Некоторые из них приобрели характер необратимых. Переиздавался «Обитаемый остров» в 1983, 1989, 1992 годах по книжному варианту — с купюрами. И лишь в 1993 году роман был опубликован в издательстве «Текст» в своем исконном виде, максимально приближенном к тому, что сошел с пишущей машинки братьев Стругацких в Доме творчества «Комарово» в солнечный апрельский день 1968 года. В издании «Невы» помимо крупных сокращений из текста были убраны мелкие подробности — части предложений, несколько слов, предложение-два. К примеру, изъято: «...если ты настолько примитивен, что воображаешь, будто на неизвестных планетах можно отыскать некую драгоценность, невозможную на Земле...», «Не снимая высокого белого воротничка...», «Мама... Отец... Учитель...», «...и очень собой довольные», «...от чего он не стал ни красивее, ни удобнее», «Он обследовал себя изнутри, убедился, что горячки не порет...», «Теперь было самое время утолить чувство благодарности», «...старый хрен. Капрал называется...» и так далее. Можно видеть, что эти сокращения были произведены авторами и не затрагивали ни основной темы, ни внутреннего смысла произведения. Некоторые более крупные сокращения тоже были несущественны для понимания текста, к примеру, сон Гая о встретившихся ему выродках, один из которых — Мак, и последующие мысли Гая об этом сне. В «невском» тексте были и два существенных сокращения: находка и обследование Крепости (и первая встреча с голованами), а также все путешествие Максима на юг и к побережью и его участие в войне (главы 15–17). Вместо путешествия в следующей главе только его краткое описание:
«И не мудрено: путь он прошел страшный и жестокий. Бежал с каторги, прихватив этого своего приятеля, разжалованного капрала; месяц бродил с ним по деревням диких выродков — искал, вероятно, себе армию, ничего не нашел, бросился к побережью — надо понимать, хотел вступить в контакт с белыми субмаринами, опять ничего не вышло, и тогда он сдался патрулю и вернулся в свою колонну; тут началась эта злосчастная война, он записался добровольцем, отправился на фронт, каким-то чудом выжил в этом аду и вернулся в столицу вместе с жирным Фанком, потеряв по дороге своего Гая, голыми руками перебив экипаж патрульного танка... Да, это уже не прежний добрый мальчик. Посуровел наш Мак, ожесточился. И поумнел!»
