Герб принят в 1904 году и приобрел современный вид после того, как в 1946 году были изменены некоторые детали. Зеленый фон символизирует богатую тропическую растительность страны. Центральная часть щита — пейзаж страны в самой узкой части Панамского перешейка. Заходящее солнце и восходящая луна в небе напоминают о том, что независимость Панамы была провозглашена вечером 3 ноября 1903 года. Скрещенные сабли и винтовка символизируют историческое прошлое страны, полное кровопролитных и разрушительных войн, и стремление панамцев не допустить их впредь. Лопата и мотыга обозначают мирный труд народа. Рог изобилия с золотыми монетами является символом богатства и процветания, а крылатое колесо — прогресса. Щит окружают четыре национальных флага. Орел, символизирующий суверенитет республики, держит в клюве ленту с латинским девизом «Для пользы мира», указывающим на всемирное значение Панамского канала. Девять звезд над щитом (первоначально их было 7) обозначают семь провинций страны: Бокас-дель-Торо, Верагуас, Дарьей, Кокле, Колон, Лос-Сантос, Панама, Чирики и Эррера.
Своего рода государством в государстве являлась зона Панамского канала, находившаяся с 1903 года под американским флагом. Только ценой многочисленных жертв панамцы добились в 1960 1964 годах права вывешивать в зоне свой флаг рядом с американским. Колониальным флагом зоны в 1915 — 1977 годах служил флаг ее губернатора, на синем полотнище которого помещались щит с элементами американского герба над изображением плывущего по каналу старинного испанского галеона и девиз «Страну разделяет, мир соединяет». Это центральная часть существовавшей с 1906 года колониальной эмблемы. На эмблеме (цвета которой были изменены в 1956 году) вокруг щита и ленты с девизом помещалась по кругу надпись: «Печать Зоны канала Панамского перешейка», дополненная в 1938 году тремя звездами. В 1977 году панамский народ добился заключения соглашения с США, по которому большая часть зоны канала возвращена под панамский суверенитет, зона как территориальная единица с особым статусом, эмблемой и флагом ликвидирована, а сам канал к 2000 году должен постепенно перейти под контроль Панамы.
Особый (автономный) статус в рамках Панамы имеют и острова Сан-Блас, населенные индейцами куна. В 1925 году они подняли восстание, провозгласив Республику Туле под красно-желто-красным флагом с синей свастикой в центре, просуществовавшую 10 дней. Эта эмблема и цвета и сейчас широко используются в декоративном искусстве куна, хотя ныне их автономия не имеет своей символики.
