Когда же встал вопрос об определении подросших мальчиков на учёбу, Микеланджело проявил характер, наотрез отказавшись поступать в духовную семинарию в отличие от послушного тихони брата Джован Баттисты, ставшего со временем священником. У него с ранних лет проявилась тяга к рисованию. Её происхождение не выяснено, поскольку в роду Меризи никогда не было живописцев. Правда, в городке Караваджо родился в 1500 году будущий ученик Рафаэля по прозвищу Полидоро да Кальдара, но следов его творчества в родных местах не осталось; известно лишь, что жизнь его трагически оборвалась в 1546 году на Сицилии.
Дома и на уроках в приходской школе мальчик Микеланджело, к явному неудовольствию учителя, не расставался с карандашом и листом бумаги, делая наброски с натуры. Особенно пристально он наблюдал за рабочими на стройке, стараясь передать на бумаге их фигуры в движении. По окончании трудового дня все они шумной гурьбой бежали на ближайший пруд, где, разогнав гусей и уток, весело плескались, смывая с себя грязь и въевшуюся в поры мраморную пыль. Было забавно смотреть, как, выскочив из воды, молодые парни бегали голышом по лужайке, чтобы обсохнуть, или боролись играючи, стараясь уложить друг друга на лопатки. Освещенные лучами заката их выразительные мускулистые фигуры, казавшиеся вылитыми в бронзе, возбуждали любопытство мальчика. Крепкие тела молодых парней так и просились быть запёчатлёнными на рисунке углём или карандашом, но свои наброски обнажённой натуры Микеланджело старательно прятал от посторонних глаз.
Оставшись без отца в пятилетнем возрасте, он обожал мать и был к ней сильно привязан. С наступлением переходного возраста в нём стала проявляться склонность, которую Фрейд в работе «Леонардо да Винчи. Воспоминания детства» называет «отцовским комплексом», видя в ней признак гомосексуализма. Однако в отличие от Леонардо, у которого Фрейд углядел этот комплекс с самого раннего детства, маленький Микеланджело плохо помнил отца, которого дела постоянно удерживали в Милане. А поэтому все его детские симпатии и влечения были связаны только с матерью, хотя сама женская натура отталкивала его из-за привязчивых и болтливых тётушек. По-видимому, даже малейшее проявление к другим представительницам слабого пола внимания или любопытства в подростковом возрасте рассматривалось мальчиком как измена любимой матери или как нечто зазорное и непристойное. Единственной женщиной, вызывавшей у него не только интерес, но и обожание, была подруга матери маркиза Костанца Колонна. Бывая в её доме, он очень любил слушать, как она играет на клавесине. Видя, какой интерес друг её детей проявляет к музыке, маркиза однажды подарила ему лютню и обучила нотной грамоте, которая поначалу давалась ему туго, и он больше полагался на свою память.
