Некоторые исследователи (Н. М. Карамзин, С. М. Соловьев, И. И. Смирнов, Н. А. Казакова) связали опалу Ряполовского и Патрикеева с провалом деятельности группировки Елены Волошанки и великого князя Дмитрия Ивановича, реабилитацией и возвышением Василия и Софьи. Эта версия появилась впервые в середине XVI века на страницах грандиозного исторического сочинения, памятника государственной идеологии — «Степенной книги царского родословия». Казнь Ряполовского и насильственное пострижение Патрикеева были «уступкой», «данью», «отражением» превращения Василия во второе лицо в государстве. А. А. Зимин обратил внимание, что в 1498 году влияние группировки Патрикеевых было определяющим — к ней принадлежали пять бояр из двенадцати членов Боярской думы[27]. События 1499 года как раз знаменовали конец этого влияния.
Это верно, но здесь в трудах ученых действует логический принцип: «после того — значит, вследствие того». После опалы Ряполовского и Патрикеева произошло возвышение Василия — значит, его возвышение и было причиной их опалы. Получается замкнутый круг. На самом деле мы не знаем обстоятельств тайной придворной борьбы в московских правящих кругах в конце правления Ивана III. Разгром думской группировки Патрикеевых, конечно, способствовал поражению Дмитрия-внука, но вот что было его настоящей причиной, кто смог добиться низвержения столь влиятельных аристократов — на этот счет мы можем только строить предположения. Исходя из принципа qui bono, выгодно это было Василию. Но воспользовался ли он случаем или был инициатором интриги — источники хранят молчание…
Так или иначе, черная полоса для Василия и Софьи кончилась. В 1499 году Иван III начал переговоры с Данией о возможной женитьбе Василия на дочери датского короля, принцессе Елизавете. Между мартом и августом 1499 года Василий выдал жалованную грамоту Владимирскому Рождественскому монастырю. 21 марта 1499 года он был провозглашен государем и великим князем Новгородским и Псковским, и на Руси оказалось три великих князя одновременно: Иван III, Дмитрий-внук и Василий. Правда, Псков отнесся к этому назначению в высшей степени отрицательно, справедливо усмотрев в нем угрозу своего подчинения старому конкуренту Новгороду. Псковичи прислали челобитье к Ивану III «и внуку ево Дмитрию Ивановичю, чтобы держали отчину свою в старине». Иван III уступил. Василий лишился Псковского княжения, не успев приступить к своим полномочиям и даже не доехав до Пскова.
