Такое большое количество модификаций, вариантов, подвариантов (по разным оценкам 60–70) и просто усовершенствований F.13 явилось следствием стремления «Юнкерс» наиболее полно удовлетворить подчас противоречивым требованиям различных заказчиков. Этому, в свою очередь, способствовало обеспечение широких модернизационных возможностей базовой конструкции самолета, позволившей, в частности, поднять мощность устанавливаемых двигателей со 160 до 480 л.с., то есть в три раза — случай неординарный в практике коммерческой авиации. В результате постоянного поиска наиболее удачными были признаны варианты самолета с двигателями «Юнкерс» L.5, под которые впоследствии переоснастили значительную часть ранее выпущенных машин.
Однако, в процессе эксплуатации не только менялись двигатели, но и планер, системы самолетов дорабатывались по более поздним стандартам, хотя не всегда эти доработки приводили к повышению надежности конструкции самолета. В частности, 21 июля 1930 г. в графстве Кент (Англия) в плохую погоду потерпел катастрофу F.13ge (per. G-AAZK) авиакомпании «Вэлкот Эйрлайнз», унесший жизни двух членов экипажа и четырех пассажиров. Расследование причин этой катастрофы показало, что в сильной турбулентности у самолета разрушился правый стабилизатор, затем последовательно хвостовая часть фюзеляжа, правое крыло и кабина. Катастрофа произошла несмотря на то, что на этом самолете был реализован комплекс мероприятий по усилению стабилизатора подкосами и оснащению его рулями высоты с роговой компенсацией, в то время как с ранними машинами, оснащенными консольными стабилизаторами и рулями без компенсации, подобных происшествий отмечено не было. Тем не менее, в своем большинстве «Юнкерс» F.13 применялись долго и успешно. При этом подавляющее большинство самолетов эксплуатировалось в Германии и в странах, в образовании авиакомпаний которых «Юнкерс» принимала непосредственное участие.
Первая авиакомпания «Ллойд Остфлюг» была образована «Юнкерс» еще 7 ноября 1920 г. на паях с еще несколькими фирмами. Эта авиакомпания была зарегистрирована как общество с ограниченной ответственностью и предназначалась для обслуживания чрезвычайно важной в политическом смысле восточной трассы Берлин-Данциг-Кё- нигсберг, на которой с 15 марта 1921 г. (по другим данным с 1 апреля) начали применяться «Юнкерс» F.13. Незадолго до этого, 26 февраля 1921 г., не без помощи «Юнкерс» учреждается авиакомпания «Данцигер Люфтпост», которая постепенно укомплектовывается F.13 и вскоре полностью берет на себя почтово-пассажирское обслуживание на этой линии. После этого Гуго Юнкерс по соглашению с другими пайщиками выводит свои капиталы из «Ллойд Остфлюг» и в декабре 1921 г. организует авиатранспортное подразделение своей производственной фирмы под названием «Юнкерс Флюцойгверк Абтайлунг Люфтферкер» (далее по тексту «Юнкерс-Люфтферкер»), 6 мая 1922 г. «Юнкерс-Люфтферкер» совместно с «Данцигер Люфтпост» открыли эксплуатацию F.13 на линии Берлин- Штеттин
