С октября 1944 г. в Кэстл-Бромвиче начали выпуск практически аналогичной "Спитфайру" IX модификации XVI. Она отличалась только тем, что на ней стоял американский мотор "Мерлин" 266. Это был тот же "Мерлин" 66, но изготовлявшийся в США по лицензии фирмой "Паккард". Американцы присылали их укомплектованными своими американскими агрегатами, из-за чего и ввели отличающий номер модификации -266. Имелись также особенности в конструкции нагнетателя и системе охлаждения, усовершенствованные инженерами "Паккард". Как и "девятки", эти истребители сперва имели крыло типа С, а затем перешли на Е. Аналогично внедрили и фонарь кругового обзора. Но с самого начала "Спитфайр" XVl имел уширенный руль поворота, фильтр "Аэро-Ви" и задний фюзеляжный бензобак. Процесс модернизации этой модификации завершился к началу 1945 г. После этого она строилась до конца войны практически в неизменном виде.
На фронт "Спитфайр" XVI попал в ноябре 1944 г. Первой крупной операцией для них стали атаки на пусковые площадки баллистических ракет V-2 в Нидерландах, к которым привлекли четыре эскадрильи. Позиции ракетчиков были хорошо замаскированы, укреплены и защищены зенитными средствами. Сами же позиции фактически являлись малоразмерными целями, поражать которые требовалось с высокой точностью. Поэтому прорыв к ним возложили на быстроходные и маневренные "Спитфайры". Они работали как истребители-бомбардировщики, сбрасывая бомбы с крутого (до 70 градусов) пикирования. Был даже случай, когда пилот обстрелял из пушек взлетающую ракету (но она не взорвалась).
В конце войны и "девятки", и "шестнадцатые" использовались, по большей части, против наземных целей, хотя и не стеснялись атаковать любые попадающиеся под руку немецкие самолеты. Для увеличения боевой эффективности машины как штурмовика проводился ряд экспериментов по вооружению "Спитфайра" реактивными снарядами. При этом опыты проводились как на модификации IX, так и на самолетах типа XVI. Монтировались американские кассеты М10 из трех трубчатых направляющих калибра 114 мм под каждым крылом — фактически, шесть пехотных противотанковых гранатометов ("базук" по американской терминологии), английские установки "Триплекс" (тоже трубчатые, но калибра 76,2 мм с надкалиберной боевой частью от гаубичного снаряда) и стандартные ракетные установки — по четыре ракеты в ряд, подвешенные на замках спереди и сзади (т. н. "нулевой длины" — безбалочные). Но все они, в сущности, остались только экспериментальными. Быстрые темпы наступления вновь потребовали увеличения радиуса действия "Спитфайров". На испытаниях под "девятки" вешали американские каплевидные баки под крыльями, большой (емкостью свыше 900 л) сигарообразный бак под фюзеляжем, но, наконец, остановились на баках обтекаемой формы объемом по 227 л. Этот тип заменил применявшиеся ранее конструкции, прилегавшие к центроплану.
