В 1611-1614 годах появляется ряд новых указов, направленных против христианства, после чего начинаются открытые гонения. С 1624 по 1638 год издаются указы, которые запрещают иностранцам посещать, а японцам — покидать Японию или же возвращаться в нее после пребывания в других странах. При Хидэтада и Иэмицу гонения достигают апогея. По разным дан-ным, за время гонений в Японии было замучено от нескольких десятков до нескольких сот тысяч христиан. Вдоль проезжих дорог появились бесконечные вереницы крестов. Христиан пытали, распинали, сжигали, заживо зарывали в землю. В 1637 году, доведенные до крайности непосильными налогами, крестьяне острова Кюсю, возглавляемые ронином (самураем, лишившимся своего господина), подняли бунт, известный ныне как Симабарс- кое восстание. Большинство участвовавших в нем крестьян исповедовало христианство, и восстание тут же приняло религиозную окраску. Поддерживаемые ронинами, христиане в течение пяти месяцев удерживали у стен крепости стотысячное сёгунское войско. Сёгуну пришлось прибегнуть к помощи голландцев, разрушивших выстрелами своих корабельных пушек стены твердыни. Практически все население крепости, составлявшее более 37 тыс. человек, было уничтожено (в живых осталось около 100 человек).
Известно, что святитель Николай неодобрительно отзывался об этом восстании, но указывал на мученическую стойкость обманутых своими главарями людей и их любовь ко Христу.
Вскоре после разгрома восстания была введена система обязательной ежегодной регистрации всех японцев в буддийских приходах («домашних храмах»), которая гарантировала непринадлежность членов этих приходов христианской Церкви. Отре-чение требовалось не только от данного лица и членов его семьи, но и от их потомков в третьем и четвертом колене, при этом отречение должно было повторяться ими раз за разом. Архиепископ Антоний (Мельников) пишет о сохранившихся доныне медных иконах Спасителя и Богородицы со стертыми и истоптанными краями. Отрекавшихся понуждали становиться на иконы, но несчастные пытались стоять на их краях.
В 1639 году исповедание христианства в Японии окончательно запрещается. Япония изолирует себя от мира на два с лишним столетия. Сохраняются лишь торговые контакты с протестантской Голландией (судам голландцев разрешен вход в порт Нагасаки), Китаем и Кореей.
Тогда же возникла и японская катакомбная Церковь, открыто заявившая о своем существовании только в 1865 году (в ту пору численность ее составляла около 20 тыс. человек). Катакомб- ники жили главным образом на западе Кюсю, в окрестностях Нагасаки и Симабара. После легализации они отказались от воссоединения с католиками и сохранили собственную иерархию, состоящую из мирян. Известно, что в годы гонений они поклонялись Богородице под видом бодхисатвы Каннон.
