Нервное напряжение и переутомление этих дней обострили сердечную астму, которой страдал владыка. Силы его стали быстро таять.
Незадолго до кончины владыка говорил еп. Сергию: «...Роль наша не выше сохи. Вот крестьянин попахал, соха из-носилась. Он ее и бросил. Износился и я. И меня бросят. Новая соха начнет пахать. Так смотрите же, пашите! Честно пашите! Неустанно пашите! Пусть Божье дело растет! А все-таки приятно, что именно тобой Бог пахал. Значит — и ты не заржавел. Значит, за работой на Божьей ниве и твоя душа несколько очистилась, и за сие будем всегда Бога благодарить».
В последний раз архиепископ Николай служил в первый день Рождества Христова 1912 года. Через несколько дней его поло-жили в больницу св. Луки в Цукидзи. Однако 5 февраля владыка, спешивший закончить свои дела, настоял на том, чтобы его доставили обратно на Суругадай, и вновь вернулся к переводческой работе. 13 февраля им было составлено последнее донесение Синоду о состоянии дел в миссии. 15 февраля владыка потребовал возобновления проходивших обычно в соседней комнате и отмененных по рекомендации врачей занятий хора и попросил исполнить любимое им «На реках Вавилонских».
Ночью начался бред, во время которого умирающий несколько раз произнес слово «Воскресение». 16 февраля в четверть восьмого зазвонил большой храмовый колокол, извещавший о кончине святителя Николая.
Епископ Сергий пишет: «Не стонет уже владыка. Не делает ему впрыскиваний сестра. Лишь тихое чтение Слова Христова, на служение которому владыка отдал всю свою святую жизнь, нарушает таинство смерти, столь очевидное, у постели еще так недавно, всего вчера, оживленно беседовавшего и составлявшего план на 10-летнюю работу. <...>
Тело высокопреосвященного архиепископа лежало в крестовой церкви... В субботу 4 февраля (ст. ст.) утром и вечером после всенощного бдения, в воскресенье после Литургии и вечером, в понедельник 6 февраля утром и вечером здесь были совершены торжественные панихиды, всегда в переполненной церкви. Владыка лежал еще не в гробе, ибо гроб не был готов. Чудный обы-чай мне пришлось наблюдать в эти дни, впервые за время своей службы в Японии! Известная группа христиан, по взаимному соглашению, приходит к телу почившего с вечера и бодрствует до утра, слушая чтение Евангелия.
Обычай этот есть и в обычной жизни, при погребении знакомых... Трогательно было видеть старичков и старушек, в полудремоте, но около своего Дай-Сюкео (владыки) проводящих ночь... Умилительны были матери семейств, приходившие со своими грудными ребятками и здесь же располагавшиеся с одеялами... Но мне не забыть одной ночи. Она тем сильнее поразила меня, что была почти неожиданна. Конечно, плохо спалось. Немного нападет забытье, — очнешься: через стену в церкви читают св. Евангелие... И с такою горечью в который уже раз почувствуешь, что все это не сон, а горькая действительность... Так было и в эту ночь. Тянуло к владыке. Пошел. Открываю дверь. И что же? Вокруг тела владыки сидят по-японски девочки нашей женской миссийской школы, человек 40. У всех в руках св. Евангелие и зажженные свечи. Все с благоговением в последний раз научаются от безмолвного владыки словесам Христовым. Я обомлел от неожиданности. Заплакал. И возвратился домой... Да, велика и искренняя была любовь владыки к своим христианам, нежна была привязанность его к школам. И поняли это христиане. Почувствовали это своим сердцем ангельские души воспитанниц. Любовь к своему владыке привела их на всю ночь разделить с ним безмолвие смерти. Но говорил им владыка через Христово слово».
