После того как в 1902 году был заключен союз между Японией и Великобританией, стало очевидно, что война Японии с Россией неизбежна. На соборе 1903 года епископ Николай вынужден был отвечать на чрезвычайно волновавший японских православных христиан вопрос: должны ли они участвовать в войне против России, он ответил, что христиане должны будут выполнить свой долг перед своей родиной вместе со всем народом. В случае начала войны они должны будут относиться к России как к неприятелю, но «воевать с врагами не значит ненавидеть их, а только защищать свое Отечество».
5 февраля 1904 года Япония разорвала дипломатические отношения с Россией. Два священнослужителя, работавших в то время в миссии, вернулись домой. Духовенство и миряне Японской церкви обратились к своему епископу с просьбой остаться в Японии. Епископ Николай отвечал, что он уже принял пред Богом решение остаться в Японии, в своей маленькой квартирке при соборе.
«Я надеюсь, что объявление военных действий не принесет с собою никакой перемены в деятельности нашей Церкви. Катехизаторы будут продолжать проповедовать Евангелие Спасителя, ученики — посещать школу миссии, а я сам отдамся всецело переводу наших богослужебных книг-
Сегодня по обычаю я служу в соборе, но отныне впредь я уже не буду принимать участия в общественных Богослужениях нашей Церкви... Доселе я молился за процветание и мир Японской империи. Ныне же, раз война объявлена между Японией и моей родиной, я, как русский подданный, не могу молиться за победу Японии над моим собственным Отечеством. Я также имею обязательства к своей родине и именно поэтому буду счастлив видеть, что вы исполняете долг в отношении к своей стране».
Во все приходы Японской Православной церкви, встревоженные объявлением войны с Россией, было разослано «Окружное письмо», в котором епископ благословлял японских христиан исполнить свой долг верноподданных, но напоминал:
«Кому придется идти в сражения, не щадя своей жизни, сражайтесь — не из ненависти к врагу, но из любви к вашим соотчичам... Любовь к Отечеству есть святое чувство... Но кроме земного Отечества у нас есть еще Отечество небесное... Это Отечество наше есть Церковь, которой мы одинаково члены и по которой дети Отца Небесного действительно составляют одну семью... И будем вместе исполнять наш долг относительно нашего Небесного Отечества, какой кому надлежит... И вместе с тем будем горячо молиться, чтобы Господь поскорее восстановил нарушенный мир...»
