Другой, подобный по своей видимой странности, случай произошел с г-ном Томи Петром. В одно время все заметили его вне-запное исчезновение куда-то. Никто..не знал, куда он скрылся. Я спросил жену, но и она не знала, хотя ее лицо не выражало ни горя, ни даже особой озабоченности. Все это было весьма загадочно и продолжалось довольно долго. Но вот, спустя 11 дней после этого, однажды вечером, около одиннадцати часов, г-н Петр Томи является ко мне в сопровождении г-на Сакая. Вижу — худ до невероятности, кости сильно выдались на совершенно изменившемся в своем цвете лице; просто жалко было смотреть на него. На мои вопросы — где он был и почему так сильно исхудал, он ответил, что все это время он проводил в воздержании от сна и пищи и в молитве о скорейшем просвещении братьев-язычников тем светом истины, которого он сам недавно сподобился. Услышав обо всем этом, я был очень изумлен столь трогательным проявлением горячей верности по вере. Но все-таки я должен был заметить ему, что такое дело впредь нужно совершать согласно с установлениями Церкви, ибо иначе можно принести сильный вред своему здоровью».
В конце 1869 года иеромонах Николай, испросив отпуск, отправляется в Россию ходатайствовать перед Святейшим Синодом о разрешении открыть в Японии русскую духовную миссию.
В Россию иеромонах Николай приехал в феврале 1870 года. Его ходатайство было удовлетворено. 6 апреля 1870 года Александр II высочайше утвердил определение Святейшего Синода об учреждении в Японии русской духовной миссии в составе начальника миссии, трех иеромонахов-миссионеров и причетника. Половину намечаемых расходов брало на себя казначейство, другая половина была отнесена за счет типографского капитала духовного ведомства. Всего духовной миссии ассигновалось 6 тыс. рублей в год и 10 тыс. рублей единовременно. Миссионерские станы располагались в Токио, Киото, Нагасаки и Хакодате. Начальником миссии был назначен иеромонах Николай с возведением в сан архимандрита. Миссия подчинялась ведению Камчатского епископата. Обязанности миссионеров были изложены в «Инструкции для Миссии», представленной иеромонахом Николаем и утвержденной Синодом. Перед отъездом в Японию архимандрит Николай смог повидаться со стариком отцом.
В Хакодате он вернулся в марте 1871 года. Проповедь Евангелия продолжалась и в его отсутствие. В конце года архимандрит Николай крестил в Сендае одиннадцать человек.
Святитель Николай и священники Японской Православной Церкви. Юбилейное фото в честь 25-летия епископской хиротонии святителя Николая. 11 июля 1906 г.
