Хотя фактическими руководителями ополчения, избранными народом, были Кузьма Минин и Дмитрий Пожарский, их подписи под грамотой не стоят первыми. Сказались законы местничества: сначала подписывались те, кто имел более высокое происхождение и чин.
Во время «ярославского стояния» Дмитрий Пожарский вместе со своими помощниками проделал огромную работу. В отличие от первого ополчения он создает стройную военную организацию. Пешие ратники объединяются в полки, а конные — в сотни. В каждый полк выделялся наиболее опытный в ратном деле и пользующийся наибольшим авторитетом среди ополченцев воевода. В конные отряды назначались сотники.
Пожарский строго разграничил обязанности воевод в ополчении. Они отвечали за воспитание и обучение ратников и непосредственно руководили действиями своего полка в сражении. Воевода должен был неустанно поддерживать воинскую дисциплину и быть образцом справедливости по отношению к воинам.
Много было сделано для упорядочения дела снабжения ратников жалованьем, продовольствием и снаряжением. Если воеводы в казачьих «таборах» Трубецкого и Заруцкого распоряжались казной по своему усмотрению, раздавая ее зачастую только своим приближенным и вызывая тем самым недовольство рядовых казаков, то воеводы Пожарского исполняли только военные обязанности. Выдачу «денежных кормлений», или жалованья, ратным людям осуществляли чети (финансово-административные приказы) земского ополчения. В полку заведовал казной, выдавал жалованье, распределял продовольствие и снаряжение выборный из числа ратников.
Особой заботой Кузьмы Минина и Дмитрия Пожарского было вооружение ополчения. Из Ярославля во все города рассылались грамоты, которые призывали народ вступать в земское ополчение и присылать оружие, «наряд» (артиллерию) и порох для «огненного боя». В Ярославле было организовано производство копий, бердышей, рогатин и доспехов. Здесь огромную помощь Минину и Пожарскому оказали ярославский земский староста Григорий Никитников и богатый купец Надей Светишников. С ополченцами воеводы и сотники проводили регулярные занятия по военному делу. Ратников обучали владеть в бою и огнестрельным (пищалями и пушками), и холодным оружием.
В целом обстановка благоприятствовала формированию мошной земской рати. Развернувшееся партизанское движение, боевые действия казаков подмосковных «таборов» и раздоры в стане интервентов позволяли Дмитрию Пожарскому и Кузьме Минину продолжать работу по укреплению и организации ополчения.
