8 июля Делагарди послал свои войска на штурм города. Новгородцы штурм отбили, но через неделю были захвачены врасплох. 16 июля изменник Иван Шваль, холоп одного из новгородских помещиков ввел врага в город через Чудинцовские ворота. Воевода В. Бутурлин, не принимая боя, со своим отрядом поспешно бежал на города. Сопротивление оказали лишь отдельные отряды стрельцов и казаков. Они отклонили все предложения о сдаче и предпочли плену смерть в бою. Погиб и известный казачий атаман Тимофей Шаров — участник восстания Болотникова и похода Скопина-Шуйского. Упорно сражался с интервентами протопоп Софийского собора Аммос. Он затворился на своем дворе вместе с другими новгородцами и стойко отражал натиск шведов. Тогда наемники подожгли двор протопопа. Аммос и его товарищи погибли в огне, но не сдались.
Одна из самых мощных крепостей Руси — Новгородский кремль был сдан Делагарди митрополитом Исидором и князем И. Одоевским. Вскоре новгородские власти были вынуждены подписать договор, фактически отторгавший северные земли от Русского государства: территория, которая именовалась теперь княжеством Новгородским, отдавалась под покровительство шведского короля, и с ним заключался союз против Польши. Шведский король объявлялся «покровителем».
Заключая договор со Швецией, новгородцы брали обязательства не только за себя, но и за все Российское государство. Они соглашались принять одного из сыновей Карла IX (Густава-Адольфа или Карла-Филиппа) на «Новгородское и Всероссийское государство царем и великим князем». А «до прибытия его королевского величества сына, — говорилось в договоре, — обязуемся повиноваться главному военачальнику Якову во всех его повелениях». Город обязался содержать шведские войска.
Власть в Новгороде перешла к Делагарди, который не замедлил ввести оккупационный режим, по суровости не уступавший польскому. Он чинил суд и расправу, отбирал и раздавал шведским военачальникам поместья. Одной из главных его забот стало распространение королевской власти на другие пограничные города, которые ему до этого не удалось взять. Один за другим пали Копорье, Ям, Ивангород, Орешек. Но хорошо укрепленный город-крепость Псков устоял и стал главным оплотом борьбы со шведской интервенцией на северо-западе России.
Помимо шведов под Псковом долго хищничали разбойные отряды пана Лисовского, грабя и убивая мирных жителей. В марте 1611 года войска гетмана Ходкевича пробовали взять Псково-Печерский монастырь, но приступ поляков был отбит с большими для них потерями.
