Смерть царевича Дмитрия, который был главным претендентом в борьбе за престол, была использована врагами Годунова в противоборстве с ним. По городам и селам распространились слухи о намеренном убийстве малолетнего царевича.
В 1597 году умер царь Федор, не оставив после себя наследника. В среде боярско-княжеской знати началась ожесточенная борьба за царский престол, победителем в которой вышел Борис Годунов, опиравшийся на поддержку дворян-помещиков. Об избрании его царем современник писал: «Боярами и придворными овладел великий страх. Они постоянно изъявляли желание избрать царем Федора Никитича Романова». Между тем народ повсюду кричал: «Сохрани господи царя Бориса!» Бояре, «опасаясь, чтобы народ не схватил их, стали присягать» новому самодержцу.
В годы царствования Бориса Годунова резко ухудшилось положение крестьянских масс. За годы его правления к концу XVI века оброчные повинности сельских тружеников выросли почти в три раза, а лучшие их земли и покосы экспроприировались помещиками. Крепостная зависимость крестьян усилилась: теперь ими по своему произволу могли распоряжаться и бояре, и дворяне. Крестьяне жаловались, что помещики их «били и имущество грабили и всякие насильства чинили». Уйти же от своего хозяина после отмены Юрьева дня они не имели права.
Вот почему в конце XVI века усиливается бегство крестьян и мелких посадских людей на окраины Русского государства — в Поволжье и придонские степи, на Яик (Урал) и Терек, в Запорожье, на Север и в Сибирь. Бегство стало одной из наиболее распространенных форм протеста трудящихся масс против усиливающегося угнетения. Наиболее показательной является обстановка на Дону, где с давних пор скапливались вольные люди, занимавшиеся различными промыслами, торговлей и войной. Они получили название «казаки» (от тюркского — удалец, свободный человек) и жили самоуправляющимися общинами, основывая станицы, слободы, хутора.
Возникновение вольного казачества в значительной степени ослабляло феодально-крепостническую систему. Все большее число крепостных покидали своих господ и уходили к казакам. Казачьи области стала представлять реальную угрозу для крепостнического государства. Казаки всегда были готовы противостоять своим врагам с оружием в руках. Вот почему и русское, и польское правительства в те годы вели ожесточенную борьбу против казаков, стараясь истребить их, вернуть в неволю, не допустить дальнейшего укрепления казачьих окраин, распространения их влияния. Но в то же время правительство Годунова вынуждено было прибегать к помощи казаков при отражении набегов крымских татар, выплачивая им за это государево жалованье «за службу», снабжая «огненным зельем» и хлебом.
