После нескольких вылазок интервентов с целью нанести поражение ополченцам и вялых попыток Ляпунова штурмовать засевших за крепостными стенами поляков московский гарнизон засел в глухую осаду в ожидании помощи от короля.
Поляки удерживали и Арбат, и Новодевичий монастырь, откуда начиналась Большая Смоленская дорога. Но она проходила через уезды, охваченные восстанием. Крестьяне, вооруженные залами, топорами, дубинами, на свой страх и риск вели борьбу с интервентами. Те называли их презрительно «шишами», хотя и несли от них ощутимый урон. Так, в мае «шиши» разгромили дворянский конвой и отбили казну, которую боярское правительство выслало наемникам Яна Сапеги.
Решить стоявшую перед первым земским ополчением задачу, то есть изгнать интервентов и освободить Москву, Ляпунов был не в состоянии еще и потому, что с первых дней осады в рядах земской рати начался внутренний разлад. Классовая неоднородность ополчения, наличие в нем не только служилых дворян, но и казаков, среди которых было много беглых крестьян и холопов, порождали глубокие раздоры. Хотя казаки и «черные люди» с дворянами и детьми боярскими заявляли, что все они «в одной мысли», между ними лежала пропасть. Классовые противоречия не могли не привести к распаду первого ополчения.
При начальниках отдельных отрядов существовали собственные поместные и разрядные приказы, через которые они пытались управлять страной. Воеводы сами раздавали поместья, собирали «корма», отправляя на места своих людей. Такие посылки за «кормами» оборачивались зачастую грабежами и своеволиями.
Возникла необходимость создать временное русское правительство, определить его программу, объединить разрозненные отряды в единое войско. Активную роль объединителя взял на себя рязанский воевода. Временное правительство «троеначальников» (Прокопий Ляпунов, Дмитрий Трубецкой и Иван Заруцкий) было образовано лишь в мае 1611 года. Но единства в ополчении так и не стало: Заруцкий потакал казакам, у Ляпунова появились диктаторские замашки, он себя вел вызывающе высокомерно, князь Трубецкой считал себя по знатности и родовитости выше всех.
Был создан также «Совет всея земли», однако в нем не было посадских представителей. 30 июня 1611 года был принят «Приговор», составленный от имени «Московского государства разных земель царевичей, бояр, окольничих, дворян и детей боярских, атаманов и казаков». Он выражал в основном интересы дворянства и казачьей верхушки и поддерживал существовавшие крепостнические порядки. Большинство ополченцев из числа беглых крестьян и холопов попало в разряд «молодых» казаков. В целом «Приговор» был направлен против них и выражал прежде всего интересы дворянской части земского ополчения. Обещания, данные Ляпуновым в его грамоте при организации ополчения, оказались нарушенными. Казаки были крайне раздражены этим «Приговором». Назревал социальный взрыв.
